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2010年12月7日から開催されるBMB2010(第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会)でのNGSいわゆる新型シーケンサーを利用した発表をリストしたいと思います。下記のリストはどなたでも編集可能の状態(コミュニティーwiki)にしています。情報をお持ちの方はご協力おねがいします。


12月7日(一日目)

  1. 1W20-p-1 DDBJ Sequence Read Archive (DRA) と DRA Annotation Pipeline: 新型シーケンサへの DDBJ の対応
  2. 1W20-p-2 高速シークエンサーによるイネのゲノムワイドSNPの検出とその利用
  3. 1W20-p-3 全エキソン配列解析による同胞がん罹患症例の原因遺伝子変異の探索
  4. 1W20-p-4 遺伝子発現と ChIP-seq データの統合による転写制御ネットワークの同定
  5. 1W20-p-5 新型DNAシーケンサーからのデータ解析で統合データベースを使い倒すには
  6. 1P-0198 Characterization of a novel esterase isolated from leaf-branch compost using metagenomic approach
  7. 1P-0484 細胞移動時の接着斑のターンオーバーにおけるSlingshotファミリーの機能解析
  8. 1P-0541 次世代シーケンサーを使用した姉妹染色分体間の接着形成に必要な因子の解析
  9. 1P-0542 Characterization of Smc5/6 Complex in Human Cell Lines
  10. 1P-0572 DNAトポイソメラーゼIIβの遠位通過部位マッピング法(eTIP-HiC)の開発
  11. 1P-0626 大腸菌のPhoU変異によるポリリン酸蓄積とゲノム不安定化機構の解析
  12. 1P-0678 骨芽細胞におけるアンドロゲン受容体高次機能解明
  13. 1P-0698 DJ-1による転写調節を介したDNA修復との関連性
  14. 1P-0709 次世代シークエンサーを用いたカニクイザルにおける遺伝子発現解析
  15. 1P-0712 配列としての遺伝子発現データの解析とその可視化
  16. 1P-0713 DDBJ Read Annotation Pipeline: 新型シーケンサ由来配列データ解析パイプライン
  17. 1P-1035(1T11-8) 次世代シークエンサーによるパンデミック・インフルエンザウイルスA/H1N1/2009 の多種性解析
  18. 1P-1164 複数系列の大腸菌の高温適応進化過程におけるゲノム変異解析
  19. 1T6-4(2P-1185) Development and exploration of high-throughput nanoCAGE

12月8日(二日目)

  1. 2W14-p-2 次世代シーケンサーによるデータドリブン型トランスクリプトーム解析とネットワーク解析の可能性
  2. 2W14-p-5 統合DBプロジェクトで見えてきたもの―新センターで解決すべき課題―
  3. 2S3-3 クロマチン標識と転写制御
  4. 2S3-4 Highly sensitive whole-genome bisulfite sequencing for DNA methylome analysis
  5. 2P-0091 Genome-wide association of Smad2/Smad3 and HNF4α binding sites in HepG2 cells
  6. 2P-0096(3T9-12) ChIP-sequence法を用いた血管内皮細胞におけるSmad1/5結合領域の網羅的解析
  7. 2P-0437 Geobacillus kaustophilus HTA426の3種のイノシトール脱水素酵素オルソログの発現と機能の解析
  8. 2P-0442 耐熱性のエタノール生産性Zymomonas mobilisにおける耐熱性分子機構の解析
  9. 2P-0443 Characterization of the pyripyropene A biosynthetic gene cluster from Penicillium coprobium and functional analysis
  10. 2P-0547(2T8-3) GATA2 occupancies differ from each cell type, which is correlated with epigenetic modifications and gene expression profiles in cell-type specific manner.
  11. 2P-0559(2T12-9) メダカ近交系統の交雑個体をモデルとした対立遺伝子間の不均等な転写量解析
  12. 2P-0560 Linking promoters to functional transcripts in small samples with nanoCAGE and CAGEscan
  13. 2P-0604 Bisulphite Shotgun Sequencing法によるマウス生殖細胞の包括的DNAメチル化解析
  14. 2P-0605 サブナノグラムからはじめるゲノム網羅的バイサルファイトシークエンシング
  15. 2P-0607 ヒトがん細胞におけるゲノムワイドなDNAメチル化様式の解析
  16. 2P-0638 マウス染色体7C snoRNAクラスター領域からのMBII-52バリアント発現プロファイル
  17. 2P-0650 湯野浜温泉源泉の未培養微生物群から得られた低分子RNAのメタトランスクリプトーム解析 #454
  18. 2P-0755 線虫C. elegans生殖巣形成リーダー細胞の停止機構の研究
  19. 2P-0886 脂肪細胞における転写因子p53の新たなエネルギー・細胞内代謝調節機能の探索
  20. 2P-0947 Investigating disorders of cognition with new technologies
  21. 2P-0959 Resequencing of dopamine receptor genes DRD1 and DRD2 as schizophrenia susceptibility genes revealed non-neutral process possibly associated with schizophrenia.
  22. 2P-0986 ヒト涙液常在菌メタゲノミクスのプロバイオティクス的応用と病理診断の可能性について
  23. 2P-1015 次世代シークエンサーを用いた16SrDNA配列による網羅的かつ定量的細菌叢解析
  24. 2P-1185(1T6-4) Development and exploration of high-throughput nanoCAGE
  25. 2P-1187 Development of automatized CAGE cDNA preparation system for HeliScope
  26. 2P-1188 Development of capture-mRNA-seq protocol on Heliscope sequencing
  27. 2P-1189 Single molecule sequencing improves quantitative expression profiling with CAGE with reduced RNA amount
  28. 2P-1190 Reduction of non-insert sequence reads by LNA oligonucleotide for small RNA deep sequencing
  29. 2P-1191 Coding/Non-coding RNAプロファイリングの原理と実際
  30. 2P-1193 Whole genome sequencing of salt-tolerant mutant of rice by next generation sequencing technology
  31. 2P-1194 Detection of base-substitutions in ENU mouse mutagenesis by next generation sequencers
  32. 2P-1196 The Soil Transcriptomic Study: How Far We Can Go #illumina
  33. 2P-1197 次世代シーケンシングによる新規微生物ゲノム解析におけるアセンブリ手法の比較
  34. 2P-1202 次世代シーケンサデータを活用するための目次サイトの構築
  35. 2P-1203 DDBJ Sequence Read Archive / DDBJ Omics Archive
  36. 2P-1218 レトロウィルスおよびDNA 型トランスポゾンベクターのゲノムワイドな挿入部位の比較解析
  37. 2P-1259 Truncation of HMGB1 aptamer via in vitro-in silico process and its quantitative application
  38. 2P-1261 Screening for oligonucleotide sequences of SELEX process using next-generation sequencer.
  39. 2P-1278 次世代シーケンサを用いた網羅的かつ精度の高い SNP と Indel の同定
  40. 2P-1294 次世代シーケンスデータによる”軟体動物におけるダイナックなゲノム構造の進化” の解析

12月9日(三日目)

  1. 3W16-6 動脈硬化誘導刺激に応じて血管内皮細胞で複数遺伝子を同時に転写する装置の同定
  2. 3P-0064(3T8-4) Release of alkaline phosphatase caused by PIGV mutations in patients with Hyperphosphatasia-Mental Retardation syndrome (HPMR), recently found second inherited GPI anchor deficiency.
  3. 3P-0969(4T4-11) Transcriptional Consequences of Genomic Structural Aberrations in Breast Cancer
  4. 3P-1033(3T11-5) Ikarosにより制御されるT細胞分化とリンパ腫発症に関わる遺伝子プログラム
  5. 3P-0387 Genome-wide analysis of thermal adaptation mechanism of Acetobacter pasteurianus SKU1108 using next generation genome sequencer
  6. 3P-0551 Updated genome information of Lotus japonicus and status of legume comparative genomics
  7. 3P-0556 ツリミミズゲノムの繰り返し配列解析
  8. 3P-0562 次世代シークエンサーを用いた植物の大規模なゲノム解析
  9. 3P-0563 高速シークエンサーを用いたイネ近縁種の比較ゲノム解析
  10. 3P-0564 次世代シークエンサーRoche FLXを用いたMHCタイピング法の試み #454
  11. 3P-0565 SOLiDシステムを用いた日本人BACクローンの解析
  12. 3P-0566 全ゲノム塩基配列解析による酒米品種「雄町」と「日本晴」間の多型検出
  13. 3P-0567 次世代シーケンサーを用いたタラバエビ類のトランスクリプトーム解析
  14. 3P-0568 High throughput sequencing of the Takifugu rubripes and the Oryzias latipes small RNAs
  15. 3P-0569 和牛(黒毛和種)の全ゲノム解析
  16. 3P-0570 全ゲノム解析のためのSOLiD4次世代シーケンサシステムの評価
  17. 3P-0571 SOLiD4を用いた泡盛黒麹菌株の遺伝子比較
  18. 3P-0572 次世代シーケンサを用いた紅麹菌のゲノム解析
  19. 3P-0573 次世代シークエンサーを用いたカニクイザルにおけるExome変異検出法の確立
  20. 3P-0574 次世代シーケンサーのための微生物ゲノム変異解析パイプラインの構築
  21. 3P-0577アピコンプレクサ原虫のオリゴキャップcDNAを用いたゲノムアノテーションの改良とIllumina GAを用いた転写開始点解析
  22. 3P-0692 大量並列シークエンス技術を用いたEntamoeba invadens 遺伝子の転写開始地点の解析
  23. 3P-0693 DBTSSを利用した双方向プロモータの解析
  24. 3P-0694 DNA一次配列からの転写活性化能予測
  25. 3P-0711 in vitroヌクレオソームポジショニングモデルによる転写因子結合サイトの推定
  26. 3P-0740 The analysis of chromatin interaction mediated by p53 using next-generation sequencer
  27. 3P-0758 左右相称動物で進化的に保存されたmiRNAとその起源の解析
  28. 3P-0775 Small RNomicsにより新規に同定された大腸菌低分子RNA
  29. 3P-0804 ヒト腸内細菌叢メタゲノム研究と微生物ゲノム解析
  30. 3P-0815 環境ゲノム資源からの環境改善に役立つ有用タンパク質遺伝子セットの新規情報学的な手法による探索
  31. 3P-0912 ES specific transcription factors functions with the SWI/SNF chromatin remodeling factor CHD2 in Embryonic stem cells
  32. 3P-0972 長期培養により形質転換したヒト間葉系幹細胞のトランスクリプト−ム解析 #SOLiD
  33. 3P-1138 DNAチップの互換性及び評価方法に関する標準化

12月10日(四日目)

  1. 4T4-11 Transcriptional Consequences of Genomic Structural Aberrations in Breast Cancer
  2. 4T12-1(4P-0811) A comprehensive survey of 3' animal miRNA modification events and a possible role for 3' adenylation in modulating miRNA targeting effectiveness
  3. 4T19-5(4P-1194) Assessment of several methods for quantitative analysis of microbial composition in human gut microbiota
  4. 4T19-9(4P-1258) Genome-wide transcriptomics of individual promoters in mouse embryonic fibroblast, iPS, and embryonic stem cells
  5. 4S13-5 CLV3 peptide signaling in meristem maintenance
  6. 4W11-8 "Cistrome" of the TGF-β-Smad signaling pathway
  7. 4P-0712 低酸素下におけるヒストン修飾酵素を介した遺伝子制御
  8. 4P-0781 primary piRNA生合成に必須な細胞質顆粒構造体Yb bodyの機能解析
  9. 4P-0808 微量RNAからの次世代シークエンサーライブラリー構築法の改善
  10. 4P-0809 腫瘍バイオマーカーとなる低分子RNA探索における次世代シークエンサーの応用と展望
  11. 4P-0810 Cross-mapping and the identification of editing sites in mature microRNAs in high-throughput sequencing libraries
  12. 4P-0812 In vitro virus法と高速シーケンサーの融合によるタンパク質間相互作用の高効率な検出
  13. 4P-0829 ヨコヅナクマムシにおけるアルビノ変異体の極限環境耐性
  14. 4P-0831 Sequence analysis of the "neural communication system" related genes of salamander
  15. 4P-1141 ホールエクソンキャプチャーによる歌舞伎メーキャップ症候群の解析
  16. 4P-1169 枯草菌の縮小ゲノム株の全ゲノム解析
  17. 4P-1170 微生物ゲノムアノテーションパイプラインMiGAP2010
  18. 4P-1171 かずさアノテーションスイート:多様なゲノムアノテーションのための協働作業手法とツールの開発
  19. 4P-1172 文献情報に基づくゲノムリアノテーション
  20. 4P-1173 DBCLS Galaxy: 生物データ解析,共有,公開のためのウェブフレームワーク
  21. 4P-1174 KaFTom: A Database for Full-length cDNA and Genome Structures in Tomato.
  22. 4P-1179 次世代シークエンサーを用いたプラナリア・トランスクリプトーム解析の基盤構築
  23. 4P-1180 次世代シークエンサを用いた比較トランスクリプトーム向けマイクロアレイの設計
  24. 4P-1181 次世代シーケンサによるHiCEPピーク(peak:gene)データベース作成法
  25. 4P-1182 頻出パターン解析の応用による次世代シークエンサ配列からの遺伝子重複同定
  26. 4P-1183 The FANTOM web resource: update
  27. 4P-1184 Definition of promotome-transcriptome architecture using CAGEscan
  28. 4P-1193 次世代シーケンサーによる油田環境のメタゲノム解析 ~ de novo 配列アセンブルの試み
  29. 4P-1210 統合DB-PJにおけるヒトゲノムバリエーションデータベースの開発
  30. 4P-1221 ZENBU - a system for secured scientific collaborations, data integration and omics visualization
  31. 4P-1223 次世代シーケンサーから得られた塩基配列の整列プログラムの開発
  32. 4P-1224 MULTI-GPUsによる高速配列解析環境の構築
  33. 4P-1225 GenomeTraveler2010: 新型シーケンサ出力配列による配列統合解析ソフトウェア
  34. 4P-1226 SOLiDのための大容量データに対応した高速ゲノムブラウザの開発
  35. 4P-1239 Functional profiling of the E.coli genome during stationary phase by quantitative phenotyping
  36. 4P-1274 次世代シーケンサーの登場に伴う倫理的・法的・社会的課題(ELSI)
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質問日 Dec 06 '10 at 11:03

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mn3 ♦♦
5154822

edited Dec 10 '10 at 18:29

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mya_ ♦
3881914

大変たすかります!!

(Dec 08 '10 at 15:59) suimye suimye's gravatar image

すべてのNGS関連発表の要旨を抽出した PDF があるのですが、ライセンスがわからないので公開を控えています。BMB参加者のかたには送りますので dritoshi★gmail.com に連絡ください (★ を @ へ変換)

とりあえず発表番号リストを張っておきます。気合のあるひとはタイトルを入れてくれると誰かが嬉しいかもしれません。適当に元エントリと統合してください。

  • 1T6-4(2P-1185)
  • 1T7-6(1P-1165)
  • 1T7-7(1P-1161)
  • 1T11-8(1P-1035)
  • 1W11-4
  • 1W11-8
  • 1W20-p-1
  • 1W20-p-2
  • 1W20-p-3
  • 1W20-p-4
  • 1W20-p-5
  • 1P-1035(1T11-8)
  • 1P-1161(1T7-7)
  • 1P-1164
  • 1P-1165(1T7-6)
  • 1P-0198
  • 1P-0541
  • 1P-0542
  • 1P-0572
  • 1P-0626
  • 1P-0666(2T12-8)
  • 1P-0678
  • 1P-0698
  • 1P-0709
  • 1P-0712
  • 1P-0713
  • 2T8-3(2P-0547)
  • 2T12-8(1P-0666)
  • 2T12-9(2P-0559)
  • 2S3-3
  • 2S3-4
  • 2W14-p-2
  • 2W14-p-5
  • 2P-0886
  • 2P-0947
  • 2P-0959
  • 2P-0986
  • 2P-1015
  • 2P-1164
  • 2P-1185(1T6-4)
  • 2P-1187
  • 2P-1189
  • 2P-1190
  • 2P-1191
  • 2P-1193
  • 2P-1194
  • 2P-1196
  • 2P-1197
  • 2P-1202
  • 2P-1203
  • 2P-1218
  • 2P-1259
  • 2P-1261
  • 2P-1278
  • 2P-0091
  • 2P-0096(3T9-12)
  • 2P-0437
  • 2P-0442
  • 2P-0443
  • 2P-0547(2T8-3)
  • 2P-0559(2T12-9)
  • 2P-0560
  • 2P-0604
  • 2P-0605
  • 2P-0607
  • 2P-0638
  • 2P-0650
  • 2P-0755
  • 3T8-4(3P-0064)
  • 3T11-5(3P-1033)
  • 3W16-6
  • 3P-0064(3T8-4)
  • 3P-0969(4T4-11)
  • 3P-1033(3T11-5)
  • 3P-1138
  • 3P-0387
  • 3P-0551
  • 3P-0556
  • 3P-0562
  • 3P-0563
  • 3P-0564
  • 3P-0565
  • 3P-0566
  • 3P-0567
  • 3P-0568
  • 3P-0569
  • 3P-0570
  • 3P-0571
  • 3P-0572
  • 3P-0573
  • 3P-0574
  • 3P-0577
  • 3P-0692
  • 3P-0693
  • 3P-0694
  • 3P-0711
  • 3P-0740
  • 3P-0758
  • 3P-0775
  • 3P-0804
  • 3P-0815
  • 3P-0912
  • 4T12-1(4P-0811)
  • 4T19-5(4P-1194)
  • 4T19-9(4P-1258)
  • 4T4-11(3P-0969)
  • 4S13-5
  • 4W11-8
  • 4P-1141
  • 4P-1169
  • 4P-1170
  • 4P-1171
  • 4P-1172
  • 4P-1174
  • 4P-1179
  • 4P-1180
  • 4P-1182
  • 4P-1183
  • 4P-1184
  • 4P-1193
  • 4P-1194(4T19-5)
  • 4P-1210
  • 4P-1221
  • 4P-1223
  • 4P-1224
  • 4P-1225
  • 4P-1226
  • 4P-1239
  • 4P-1258(4T19-9)
  • 4P-1274
  • 4P-0712
  • 4P-0781
  • 4P-0808
  • 4P-0809
  • 4P-0810
  • 4P-0811(4T12-1)
  • 4P-0812
  • 4P-0829
  • 4P-0831
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回答日 Dec 06 '10 at 11:21

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dritoshi ♦
19615

edited Dec 06 '10 at 12:04

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質問日: Dec 06 '10 at 11:03

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最終更新日: Dec 10 '10 at 18:29

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