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MacOSXのTerminalでEMBOSSを使わせていただいています。

そこで質問なのですが、EMBOSSのパッケージの中に、

「cDNA配列を入力として与えるとその転写産物を出力するコマンド」

というのはありますでしょうか。どうぞよろしくお願い致します。

質問日 Dec 10 '10 at 19:27

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redgrapefruit
60136


EMBOSS では biosed を使うみたいですね

biosed hoge.fa -target T -replace U

回答日 Dec 10 '10 at 19:46

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dritoshi ♦
19615

edited Dec 12 '10 at 18:54

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mn3 ♦♦
5154922

perlのワンライナーで単純変換を試みる場合、適切な処理をいれないとヘッダ行とかの塩基配列ではない部分まで全部変換してしまうので、biosedつかうのがよいです。

(Dec 10 '10 at 19:59) mya_ ♦ mya_'s gravatar image

なるほど, biosedだとFastaファイルなどの配列部分だけが置換されるのですね。勉強になりました。

(Dec 10 '10 at 20:08) redgrapefruit redgrapefruit's gravatar image

早速のご回答どうもありがとうございます。

perlのワンライナーでの置換、または、EMBOSSでならbiosedというコマンドを使えばよいのですね。

勉強になりました。どうもありがとうございました。

回答日 Dec 10 '10 at 19:53

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redgrapefruit
60136

DNA配列をRNA配列に直したいという意味でしょうか?

回答日 Dec 10 '10 at 19:34

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dritoshi ♦
19615

その通りです。DNA は G A T C から構成されていますが、RNA は G A U C なので、

そのように変換されるEMBOSSのコマンドがあれば教えていただきたいです。

回答日 Dec 10 '10 at 19:37

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redgrapefruit
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EMBOSS はわからないですがPerlのワンライナーで簡単に変換することができます。

echo "ATGC" |perl -lpe "s/T/U/g"

回答日 Dec 10 '10 at 19:42

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dritoshi ♦
19615

edited Dec 12 '10 at 18:54

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mn3 ♦♦
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質問日: Dec 10 '10 at 19:27

閲覧数: 2,196 回

最終更新日: Dec 12 '10 at 18:54

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