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blast + バージョンのローカルブラスト(StandAlone blast)の使用方法を説明する動画を作っています。 以下にあげるコマンド以外で、よく使うコマンドがありましたら、教えてください。 いくつか取り入れて動画を作成できたらと思います。 またもし、誤っているコマンドがありましたら、教えてくださいm(__)m

追記:みなさんから書いていただいた情報をもとに表を書き換えてみました。もし、お時間ありましたら、チェックしていただければと思います。

説明 blast blast+
フォーマット formatdb -i yeast.aa -p T -o T makeblastdb -in yeast.aa -dbtype prot -hash_index
検索(核酸) blastall -p blastn -d yeast.nt -i test.txt -o test.out blastn -db yeast.nt -query test.txt -out test.out
検索(アミノ酸) blastall -p blastp -d yeast.aa -i test.txt -o test.out blastp -db yeast.aa -query test.txt -out test.out
検索(核酸から翻訳したアミノ酸) blastall -p tblastx -d yeast.nt -i test.txt -o test.out tblastx -db yeast.nt -query test.txt -out test.out
複数のデータベースをまとめて検索 -blastall -p blastn -d "database1 database2" blastn -db "database1 database2"
出力アラインメント数 -b 数字 -num_alignments 数字
E-valueの閾値を指定 -e 0.1 -evalue 0.1
低複雑度領域(フィルタ)のマスク -F F -seg yes(デフォルトが逆)
検索結果リスト出力数 -v 数字 -num_descriptions 数字
タブ区切りテキストで出力 -m 9 -outfmt 6
HTML形式で出力 -T T  test.html -html
使用するCPU数を調節 -a 2 -num_threads 2

よろしくお願いします。

質問日 Dec 16 '10 at 09:53

maoringo's gravatar image

maoringo
76146

edited Jan 27 '11 at 09:53


データベースを指定する -d ですが、複数のデータベースをまとめて検索したい時にnalまたはpal ファイルを別途作成しなくても複数指定ができます。

blastall -p blastn -d "database1 database2"
blastn -db "database1 database2"

※引用符を ' から " に直しました。

回答日 Dec 24 '10 at 09:54

mya_'s gravatar image

mya_ ♦
3881914

edited Jan 20 '11 at 09:48

そんな使い方もあるのですね!!ありがとうございます。

(Dec 24 '10 at 14:57) maoringo maoringo's gravatar image

''blast +ではシングルクオテーションではできなかったのですが、(ダブルクオーテーションではできました)blastではシングルクオーテーションなのでしょうか。

(Jan 19 '11 at 17:52) maoringo maoringo's gravatar image

これは、-d,-dbというオプションに、 「database1 database2」という、空白含めて1個の文字列として入力する、というもので、ご指摘を受けるまで気づかなかったのですが、(シングル|ダブル)クォーテーションの解釈が、Linuxのshellと、Windowsコマンドプロンプト(※PowerShellとも違います)で異なるためにシングルクォーテーションだとダメになるようです。 例示の場合だと、両ケースともダブルクォーテーションで通りますので直しておきます。

  1. http://oshiete.goo.ne.jp/qa/1057024.html
  2. PowerShellの場合は、 http://journal.mycom.co.jp/column/powershell/014/index.html
(Jan 20 '11 at 09:48) mya_ ♦ mya_'s gravatar image

ありがとうございます。大変参考になりました。出来るだけ多くの方に使っていただける動画にできるようにしたいと思います。

(Jan 21 '11 at 18:06) maoringo maoringo's gravatar image

核酸配列バージョンですかね。大雑把に言うと、

  1. blastnによる核酸配列レベルでの比較
  2. tblastxによる(翻訳した)アミノ酸配列レベルでの比較

ですね。

回答日 Dec 16 '10 at 12:09

hub's gravatar image

hub ♦♦
2885916

回答ありがとうございます。 参考にさせていただきます。 まだまだ募集しております。

(Dec 16 '10 at 12:14) maoringo maoringo's gravatar image

もしサーバークラスのPCをお持ちであるならば-aオプションが便利です。 "-a (使用CPU数)"という形で使います。 検索したいお手持ちの配列数が多く時間がかかることが予想される場合、 使用CPU数を増やすことで時間短縮につながります。

回答日 Dec 16 '10 at 12:58

Tanakky's gravatar image

Tanakky
121138

なるほど、ありがとうございます。参考にさせていただきます。

(Dec 16 '10 at 13:52) maoringo maoringo's gravatar image
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質問日: Dec 16 '10 at 09:53

閲覧数: 31,429 回

最終更新日: Jan 27 '11 at 09:53

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