ログイン 概要 よくある質問

(オフラインで受けた質問が有益だったので、ここでshareしたいと思います)

論文でマイクロアレイを使って実験、結果を出しているのに、NCBI GEO や EBI ArrayExpressのIDも明記されておらず、またその論文のsupplemental materialとしても添付されていない論文のマイクロアレイデータってどこかにデータベース化されているのでしょうか?されているとしたら、上記のGEOやArrayExpressでどうやって検索したらよいのでしょうか?

質問日 Dec 17 '10 at 08:32

hub's gravatar image

hub ♦♦
2885916


これは私もよく困惑させられています。 マイクロアレイに限らず次世代シーケンサでも同様なことがたまにあります。 私はたいてい以下のようなことをやってダメならあきらめます。

  1. Pubmedでその論文を検索し,GEOのリンクがないか確かめる。
  2. ラストauthorの研究室ホームページに行き、データを公開していないか確かめる。
  3. どうしてもそのデータを使いたい場合、そのラストauthorにメールをして直接送ってもらう。

回答日 Dec 17 '10 at 12:50

Tanakky's gravatar image

Tanakky
121138

お答えどうもありがとうございます。是非マイクロアレイデータは論文発表されたなら公共データベースに登録してください。人のためというよりも自分のデータが流通して多くの研究者に使ってもらい科学が発展するためと思って。よろしくお願いいたします。

(Dec 21 '10 at 11:15) hub ♦♦ hub's gravatar image

(私の回答としてはこんな感じでした)

NCBI GEOや EBI ArrayExpressが公共のデータバンクですから、個別にデータベース化している場合をのぞいて「どこかにデータベース化」されていません。前者ならデータのIDが、個別にデータベース化している場合にはURLが論文に書いてあるでしょうから、それを元に調べましょう。前者の場合は、統合データベースプロジェクトで維持管理しておりますGEO目次 http://lifesciencedb.jp/geo/をご活用ください。

回答日 Dec 21 '10 at 11:29

hub's gravatar image

hub ♦♦
2885916

あなたの回答
プレビューをトグルする

この質問をフォローする

By Email:

Once you sign in you will be able to subscribe for any updates here

By RSS:

回答

回答とコメント

タグ:

×6
×6
×1
×1

質問日: Dec 17 '10 at 08:32

閲覧数: 4,250 回

最終更新日: Dec 21 '10 at 11:29

powered by OSQA