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galaxyにファイルをuploadするには、既存の機能として"Get Data: Upload File"がありますが、これは、httpもしくはftp経由なので非常に時間が掛かります。 それを改善する為に、galaxyと同じサーバーにファイルを置いて、そのファイルを指定して解析したいのですが、何かいい方法はありますでしょうか?

質問日 Dec 20 '10 at 16:49

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takakoron ♦
31113

edited Dec 21 '10 at 16:42

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mn3 ♦♦
5154922


galaxy / galaxy-central / wiki / DataLibraries/UploadingFiles – Bitbucket に管理ユーザー(Admin user)がデータのファイルをアップロードする4つの方法を解説しています。アップロードしたファイルは、Shared DataのData Libraryのひとつになります。

  1. ファイルをアップロードする(Upload files)
  2. ファイルのディレクトリをアップロードする(Upload directory of files)
  3. ファイルシステムパスからのファイルをアップロードする(Upload files form filesystem paths)
  4. ヒストリーからのデータセットをインポートする(Import datasets form your current history)

すべての手順は、Adminメニューの Manage data libraries のなかの Upload files to a data library ツールのUpload option:オプションとして選択できます。

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1. ファイルをアップロードする(Upload files)

ファイルをアップロードしたり、URLを登録してデータファイルをサーバにアップロードすることができます。アップロードされたファイルは、既定では database/files に格納されます。この質問では、この手順では大きなファイルのときに時間がかかると指摘されているものです。

2. ファイルのディレクトリをアップロードする(Upload directory of files)

指定したディレクトリに格納したファイルをGet Data→Upload File ツールからパス指定でヒストリにアップロードすることができます。 ディレクトリの指定には、設定ファイル(universe_wsgi.ini)に

library_import_dir = /some_local_directory_of_files

を追加します。指定したディレクトリにあるファイルの一覧からファイルを選択することができます。

3. ファイルシステムパスからのファイルをアップロードする(Upload files form filesystem paths)

一連のファイルや多数のファイルをアップロードするために、ファイル指定のテキストエリアに複数のファイルパスを一度に指定することができます。

設定ファイル(universe_wsgi.ini)に、次の変更が必要です。

allow_library_path_paste = True

4. ヒストリーからのデータセットをインポートする(Import datasets form your current history)

多数のファイルをアップロードする場合に、ヒストリをファイルのリストとして指定することができます。

This 回答 is marked "community wiki".

回答日 Dec 21 '10 at 01:16

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mn3 ♦♦
5154922

edited Dec 21 '10 at 20:23

mn3様、ご回答ありがとうございます。 試してみた所、希望道りの動きをしてくれました。 ありがとうございました^^

(Dec 21 '10 at 11:02) takakoron ♦ takakoron's gravatar image
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質問日: Dec 20 '10 at 16:49

閲覧数: 2,141 回

最終更新日: Dec 21 '10 at 20:23

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