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illuminaシーケンスのライブラリを作成する場合、paired-endとmate-pairの2種類の作成方法があるようですが、 これら2種類のライブラリが混在しているシーケンス群が存在していたとして、補足情報無しで素のシーケンスデータのみでシーケンス仕分けできる方法がありましたら教えて下さい。

novoalignのように、mapping状況から推測して仕分けるのではなく、解析にかける前処理として仕分けがしたい、というのが目的です。

Paired End ライブラリの場合: http://www.illumina.com/systems/genome_analyzer/paired_end_module.ilmn

 ---[read1]--->(insert)<===[read2]===
Mate Pair ライブラリの場合: http://www.illumina.com/technology/mate_pair_sequencing_assay.ilmn
 <===[read2]===(long insert)---[read1]--->

参考にしたページ:
1. http://biostar.stackexchange.com/questions/789/about-paired-end-sequencing
2. http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=7088
3. http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=5085

質問日 Dec 24 '10 at 11:18

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edited Dec 24 '10 at 11:18

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質問日: Dec 24 '10 at 11:18

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最終更新日: Dec 24 '10 at 11:18

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