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皆様こんにちは。 表題の件で、お尋ねしたいのですが、 ChIP-SeqのデータをIGV(Integrative Genomics Viewer) などのツールで可視化していて、ふと、実際印刷して繋げて、 データを眺めたいと思ったのですが、 私が使っているIGVは、画像ファイルの保存が、 スクリーンショットをとる機能しかなくて、 つなげたり貼り付けたりするのには不向きかなと思いました。

他の可視化ツールをまだあまり試しておらず、今から いろいろインストールしようと思っているのですが、 皆様のお使いの可視化ツールで、このように画像へ変換して、 印刷して繋げるのに便利そうなツールがございましたら、 ご教授いただけますでしょうか。

質問日 Jan 18 '11 at 16:29

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suimye
2961415

edited Jan 18 '11 at 16:29

見たいデータって、ゲノムへのマッピング結果という理解で良いのでしょうか。可視化する際の入力はBAM? BED? その他フォーマットでしょうか。

(Jan 20 '11 at 09:58) nob_fj ♦ nob_fj's gravatar image

早速のコメントありがとうございます。 見たいデータは、ゲノムへのmapping結果です。私は、mappingはBWAがよいので、出力はSAMですが、IGVは、SAMをtdfファイルに変換後可視化しております。 ファイル形式は、BAM, BEDなど問わず、むしろ、ゲノムへのmapping結果を好みの解像度で、ゲノム全体出力してやりたいと思っています。

(Jan 20 '11 at 14:28) suimye suimye's gravatar image

自分で いくつか 試してみた感触では、ご質問のケースでは Savant Genome Browserが良いのではないかと思います。 これは、各エレメント(リファレンス配列、マッピング結果など)毎にPNG形式で出力できますので、後で画像を切り貼りする時に便利そうです。

最近のゲノムブラウザは、Java製かweb経由のものがトレンドのようで、OS-X,Windows,Linuxいずれも大きな手直し無しで稼働するように出来ているようです。 NGSのデータ量は膨大なので、Javaの場合は割り当てるメモリ(ヒープメモリ)を大きめに取らないと動作不具合に陥りやすいので注意して下さい。

あと、可視化ツールの先の段階で画像そのものを連結するにはhugin(Panorama photo stitcher)が使えるかもしれません。

  1. Savant Genome Browser (出力形式PNG)
  2. Tablet Next Generation Sequence Assembly Visualization (出力形式PNG)
  3. MagicViewer(出力形式pdf)
  4. GenomeView
  5. GenoViewer (SOLiD csfastaのcolorspaceと塩基配列を並列に表示できます)
  6. bamview
  7. LookSeq(ウェブベース)

(開発中?) a.Bambino b.gambit c.NGSview

回答日 Jan 24 '11 at 10:33

mya_'s gravatar image

mya_ ♦
3881914

edited Jan 24 '11 at 10:35

大変わかりやすくまとめていただき、その上連結用のソフトウェアまでお知らせいただきまして、 ありがとうございます。是非、Savant Genome Browserを利用してみようと思いました。 java, web appなどの好みもありそうですよね。 とても参考になります。ありがとうございました。

(Jan 25 '11 at 13:54) suimye suimye's gravatar image

Integrated Genome Browser では Exportを使って、window枠なしの画像が出せます。 論文用の画像もこれを使っています。 他のはあまり使っていないので他の方のご意見も待ちたいと思います。 http://wiki.transvar.org/confluence/display/igbman/Printing+and+Exporting

回答日 Jan 19 '11 at 11:58

mtothen's gravatar image

mtothen
664

ご回答、ありがとうございます。 さっそくIGBも試してみようと思います。

(Jan 20 '11 at 14:18) suimye suimye's gravatar image
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質問日: Jan 18 '11 at 16:29

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最終更新日: Jan 25 '11 at 13:54

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