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SRAs: Survey of Read Archivesを利用していて、思ったことです。

世代シーケンサのデータを公共データベース ( SRA [NCBI], ENA [EBI], DRA [DDBJ] ) に登録する際、プロジェクトごとにStudy Typesを書いているそうなのですが、Study Typesとして「Transcriptome Analysis」と「RNASeq」が別々に登録されていました。

自分にとって「Transcriptome Analysis」と「RNASeq」は同じような意味なのですが、実際に次世代シーケンサのプロジェクトに携わってる研究者にとっては、違う意味の言葉なのでしょうか? もし何かニュアンスの違いなどありましたら、教えていただきたく思います。

(それぞれのStudy type のプロジェクトのTITLEを眺めたのですが、あまり違いがないように思いました。)

質問日 Jan 19 '11 at 01:29

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yuifu
51114

edited Jan 19 '11 at 15:39

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mn3 ♦♦
5154922


Transcriptome Analysis では RNASeq よりも characterization が意識されています。
例としては nanoCAGE による解析などが挙げられます。
下記の一覧をご参考ください。
なお、全てのデータでこの通りに使い分けられているわけではありませんので、ご承知おきください。

回答日 Jan 21 '11 at 11:59

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DDBJ ♦
32126

edited Jan 21 '11 at 12:51

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mn3 ♦♦
5154922

ありがとうございます。

Transcriptome Analysisは、RNAを読むのに加えて、新規な転写産物がどのような配列によって制御されているのか、を調べるのに主眼をおいているのですね。

(Jan 24 '11 at 13:16) yuifu yuifu's gravatar image

ftp://ftp.era.ebi.ac.uk/meta/doc/sra_1_1/SRA.study.pdf や [v1] View of /trunk/sra/doc/SRA_1-2/SRA.study.xsd では、

  <xs:enumeration value = "Transcriptome Analysis">
    <xs:annotation>
      <xs:documentation>
         Sequencing and characterization of transcription elements.
      </xs:documentation>
    </xs:annotation>  
  </xs:enumeration>

  <xs:enumeration value = "RNASeq">
    <xs:annotation>
      <xs:documentation>
        RNA sequencing study.
      </xs:documentation>
    </xs:annotation>   
  </xs:enumeration>

とありました。

回答日 Jan 19 '11 at 02:09

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mn3 ♦♦
5154922

素早い回答、ありがとうございます。

Transcriptome Analysisでは、characterizationが意識されているということでしょうか。 浅学のためか、まだよく分かりません。すみません。

(Jan 19 '11 at 15:21) yuifu yuifu's gravatar image
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質問日: Jan 19 '11 at 01:29

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最終更新日: Jan 24 '11 at 13:16

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