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Galaxyを手元の環境に構築してデータ解析の準備をしています。

こちらのサイトの情報も参考にさせていただいております。ありがとうございます。

データの登録・解析をして実験しているのですが、 削除したデータをHDD上から消す方法が分からず困っております。

ヒストリーから削除したデータは削除扱いになるだけで、HDD(**/database/files/000/dataset_.dat)にはデータが残ったままです。

もちろん rmコマンドで削除すれば消えるのですが、Galaxyから(またはGalaxy管理ツール?から)削除する方法がわかりません。

どなたか削除方法をご存知の方はいらっしゃいますでしょうか。

質問日 Jan 20 '11 at 19:10

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Tsukahara
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自己解決しました。

*/scripts/cleanup_datasets/ のスクリプトによってデータ削除を行うことができました。

削除の手順

  1. "history"の削除対象となるデータを"×"で削除する。

  2. delete_datasets.sh を実行する。 (※シェルスクリプト内の-d 指定日数より前に 1. を行ったデータに対してdataset.deleted=1にする。 また対象のmetadata_fileが消える)

  3. purge_datasets.sh を実行する。 (※シェルスクリプト内の-d 指定日数より前に 2. を行ったデータに対してdatasetのファイルを削除する)

2,3を連続して実行する場合は、3の -dの指定は 0でよいです。

回答日 Jan 21 '11 at 18:30

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Tsukahara
8623

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質問日: Jan 20 '11 at 19:10

閲覧数: 1,800 回

最終更新日: Jan 21 '11 at 18:30

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