Bowtieのコマンド入力の仕方

お持ちのデータはsingle-endと考えてよろしいでしょうか？ indexファイルもfastqファイルもどこにおいても構いませんが、それぞれ特定のディレクトリ内に 入れておくとまとまっていていいと思います。（例えば、fastqファイルはreadsというディレクトリにすべていれておくとか）。 なのでindexファイルをindexes、fastqファイルをreadsというディレクトリに入れておいたと仮定すると、 $ ./bowtie -n 4 -m 1 -a --best --strata indexes/hg19 reads/sample.fastq sample.out とすればいいと思います。 "-n"はシード内ミスマッチ数。 "-m"は指定した数より多いマルチヒットがあった場合結果を出さない。-m 1は２個以上のマルチヒットがあればレポートしない、 つまりユニークヒットだけ出力するということです。 "-a --best --strata"はベストヒットを出すためのおまじないと考えてください。この３つはいつもセットで使うことが多いです。

複数同時にマッピングするにはコンピューターのCPU数も考える必要があります。 もしマルチCPUならばbowtieを２回走らせればいいだけですが、そうでないならば 一つずつ走らせてやる方がいいと思います。メモリの制限もありますので。

少し間違いがありました。-nオプションは0-3までしか取れないので-n 4だとエラーが出ると思います。 index fileが開けない理由としては、以下のことが考えられます。

1. Index filesのダウンロード、解凍時に何らかのエラーが起こった（ファイルが壊れた。）
2. Bowtieのサイトにあるindexファイルは古いversionで作られたファイルで、最新版bowtieに対応していない。 （ただbowtieのサイトでは互換性はあるようなことが書いてありましたが・・・）

1に関してはもう一度ダウンロードをしなおしてやれば解決できます。2の場合はbowtie-buildで自分で indexファイルを作成することで解決できます。 私の手元にあったbowtieはversionが0.12.2でしたが、それではダウンロードしたindex fileでうまくいきました。