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Bowtieでマッピングをwindowsのcygwin上で行いたいと考えていますが、 入力の仕方がよくわかりません。 教えていただけないでしょうか。

現在までにBowtieのPrebuild indexをダウンロードし、解凍後、 Bowtie ファイルのindexesに移し、 またNCBIのSRAファイルをfastqファイルに変換するところまでは行っております。

どのファイルをどこに配置し、 またどのようなコマンドを入力したらいいのかが良くわかりません。

Build 37のゲノムに対して、fastqファイルを複数同時に複数マッピングしたい状況です。 用いるデータは、基本的には、illumina 100baseのもので、4塩基の違いまで許容することを考えています。

質問日 Feb 08 '11 at 10:20

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dna
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edited May 18 '11 at 22:24

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mn3 ♦♦
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お持ちのデータはsingle-endと考えてよろしいでしょうか? indexファイルもfastqファイルもどこにおいても構いませんが、それぞれ特定のディレクトリ内に 入れておくとまとまっていていいと思います。(例えば、fastqファイルはreadsというディレクトリにすべていれておくとか)。 なのでindexファイルをindexes、fastqファイルをreadsというディレクトリに入れておいたと仮定すると、 $ ./bowtie -n 4 -m 1 -a --best --strata indexes/hg19 reads/sample.fastq sample.out とすればいいと思います。 "-n"はシード内ミスマッチ数。 "-m"は指定した数より多いマルチヒットがあった場合結果を出さない。-m 1は2個以上のマルチヒットがあればレポートしない、 つまりユニークヒットだけ出力するということです。 "-a --best --strata"はベストヒットを出すためのおまじないと考えてください。この3つはいつもセットで使うことが多いです。

複数同時にマッピングするにはコンピューターのCPU数も考える必要があります。 もしマルチCPUならばbowtieを2回走らせればいいだけですが、そうでないならば 一つずつ走らせてやる方がいいと思います。メモリの制限もありますので。

回答日 Feb 08 '11 at 10:44

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Tanakky
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edited Feb 09 '11 at 17:56

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mn3 ♦♦
5154922

ご返信ありがとうございます。

$ ./bowtie -n 4 -m 1 -a --best --strata indexes/m_musculus_ncbi37 reads/ERR008125.fastq sample.out のようにコマンドを出しましたが、 Could not open index file と表示されてしまうのですが、 対処法はありますでしょうか。

また、paired endの場合は、Manualを見ますと、 beststrataを抜かして-kを入力するという解釈でよろしいでしょうか。

回答日 Feb 08 '11 at 18:09

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dna
1111

edited Feb 09 '11 at 17:57

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mn3 ♦♦
5154922

3ヶ月前の件なので、もう解決されているのかもしれませんが、 m_musculus_ncbi37のindexファイルが、dna さんが「ここに置く」と思っている場所と、このコマンドを使ったときに置くべき位置が一致していない可能性というのは考えられないでしょうか。

cygwinを普通にインストールした時、cygwinウィンドウを開いた時の「Windowsから見た」フォルダの位置は、

C:¥cygwin¥home¥(ユーザー名)¥ となります。

なので、C:¥cygwin¥home¥(ユーザー名)¥ にbowtieプログラムがあって、 ./bowtieが動いているならば、

indexes/ ディレクトリは、 フォルダC:¥cygwin¥home¥(ユーザー名)¥indexes¥ という関係になります。

(May 29 '11 at 00:21) mya_ ♦ mya_'s gravatar image

少し間違いがありました。-nオプションは0-3までしか取れないので-n 4だとエラーが出ると思います。 index fileが開けない理由としては、以下のことが考えられます。

  1. Index filesのダウンロード、解凍時に何らかのエラーが起こった(ファイルが壊れた。)
  2. Bowtieのサイトにあるindexファイルは古いversionで作られたファイルで、最新版bowtieに対応していない。 (ただbowtieのサイトでは互換性はあるようなことが書いてありましたが・・・)

1に関してはもう一度ダウンロードをしなおしてやれば解決できます。2の場合はbowtie-buildで自分で indexファイルを作成することで解決できます。 私の手元にあったbowtieはversionが0.12.2でしたが、それではダウンロードしたindex fileでうまくいきました。

回答日 Feb 09 '11 at 11:53

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Tanakky
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edited Feb 09 '11 at 17:58

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質問日: Feb 08 '11 at 10:20

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最終更新日: May 29 '11 at 00:24

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