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頭の中がこんがらがってきました。 SOLIDのpair end シークエンス(カラーデータ)をbowtieでアラインしたいのですが bowtie -p 22 --chunkmbs 1024 -a -C -S --ff path/to/index -1 path/to/F5.csfasta -2 path/to/F3.csfasta -Q1 path/to/F5.qual -Q2 path/to/F3.qual /path/to/result.sam といった感じでコマンドをたたいたのですが

Extra parameter(s) specified: ”path/to/F3.qual”, ”path/to/index”, "/path/to/result.sam"
Note that if <mates> files are specified using -1/-2, a <singles> file cannot
also be specified.  Please run bowtie separately for mates and singles.
どこが悪いのでしょうか? F5とF3のpair endなのです。

質問日 Feb 22 '11 at 14:11

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fumumumu
121157

edited Feb 22 '11 at 14:40

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mn3 ♦♦
5154922


その通りでございます。ついでに申しますと-fのオプションも足りませんでした。 どうもありがとうございました。

回答日 Feb 22 '11 at 16:20

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fumumumu
121157

--Q1/--Q2 <file>   same as -Q, but for mate files 1 and 2 respectively
↑ ハイフンは 2個

という単純な問題、だといいのですが、どうでしょう。

回答日 Feb 22 '11 at 14:59

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mya_ ♦
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質問日: Feb 22 '11 at 14:11

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最終更新日: Feb 22 '11 at 16:20

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