塩基配列を弄る系のソフトを簡単に見てみた限りだとkenkenさんの要求する操作ができるものがなかったので,適当にスクリプト書いてみました.こんなものが欲しいという理解でよろしいでしょうか. ソースコード : https://gist.github.com/840281 使い方と結果 : http://gyazo.com/d055680402948cd245eeaba2b60a373e.png 久しぶりにruby書いたので,ちょっとバグがあるかもしれません. 追記(2011/03/04):取り敢えず解決された(?)のでしょうか.特に要望も無さそうなので,これで一端終わりにします.ソースコード等は自由に使ってもらって構いませんが,スクリプトの保守管理やbug fixは今後やりません. 回答日 Feb 23 '11 at 20:04 yag_ays |
わざわざありがとうございます。 感謝いたします。 プログラムは初心者なのでよくわからないのですが、 biorubyは以下のホームページの通りにダウンロードしたらいいんでしょうか。 過去に何回かcygwinで解析したことがあるのですが、今回は、いまいちよくわかりません。 BioRubyを使わなくても良いように,スクリプトを書き換えました.単独で動くので,上記の使い方の項目1.は必要ありません. ソースコード : https://gist.github.com/840281 使用例 : https://skitch.com/yagays/rt2ma/indel (ruby 1.8.7とruby 1.9.2p136で動作確認しています)
(Feb 26 '11 at 05:22)
yag_ays
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参考になるアドバイスありがとうございます。 使い方と結果と全く同じことを cygwin上で行ってみました。 エラーが出てしまうのですが、私のやり方の問題でしょうか。。。 $ ruby indel.rb indels.txt fasta.fasta indel.rb:3:in `require': no such file to load -- bio (LoadError) from indel.rb:3 とのことです。 取り敢えずは上のような感じで良さそうですね.スクリプトを少し書き換えたので,使い方を含めて補足します. 1.BioRubyというパッケージをインストールします以下のコマンドを実行してください.
(うまく行かない場合は行頭にsudoを付けて管理者権限になってください) 2.以下の3つのファイルを同じフォルダに入れてください
これは gist: 840281 をコピペしたファイル
indelの情報が入ったファイルです.タブ区切りのファイルで保存してください(もし違う形式だった場合はExcelの「別名で保存」からtsv形式で保存)
対象となるFASTAファイルです. 3.スクリプトを実行します先ほどファイルを置いたフォルダに移動し,以下のコマンドを実行してください.
もし成功すれば,フォルダ内に「output.fasta」というファルが生成されているハズです.中身を見て,書き換えがうまくいっているか確かめてください. 以上です.
(Feb 24 '11 at 04:11)
yag_ays
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真面目な話として、数百個分の操作なら、手でやるのも検討するといいかもしれません。
その操作が今回一回きりで、プログラミングの手間やソフトウェアの購入が難しいなら、決して悪くない方法だと思います。今後も同様の操作が繰り返される場合は、プログラミングすることを検討するべきだと思います。
もしくは、質問として求めている処理をより正確に記述して、これを見た方にプログラミングしてもらうという手があります。その場合は、正確に入力ファイルやパラメータや条件を定義し、出力として期待する型式を定義すると回答が得られる確率が向上します。たとえば、上記の質問では、
1239000base
がなにを意味しているのか不明なので、期待されている回答が得られにくいかなとおもいます。