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今後免疫分野でChip-seqやRNA-seqを施行していく予定にしています。免疫分野ではC57BL/6Jに加えてBlab/cも表現型をみていく上で重要です。そこで質問させていただきたいのですが、Chip-seqやRNA-seqをBalb/cでデータをとった後、リファレンス配列mm9にマッピングすることになると思うのですが、mm9は主にC57BL/6Jから作られているようです。論文によってはC57BL/6JとC57BL/6nでも結構違いがあるようなことを指摘されているくらいですので、実際balb/cとC57BL/6Jではかなり違うような気がするのですが、マッピングはどの程度できるのでしょうか? それとも、balb/c用のリファレンス配列を別に作成する等のステップを踏まないと意味のあるデータを得るのは難しいのでしょうか? なかなか周囲にBalb/cを用いてNGSを使用した実験をされている方がおらず、判断しかねております。よろしくお願いいたします。

質問日 Feb 24 '11 at 15:54

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gatapishi
712711


細かい条件の違いによる影響とかもあるとは思いますが、ざっくりいってC57BL/6Jのデータをmm9にマップしたときのマップ率の0.9掛けくらいはあるんじゃないかなあと思います。ヒトのデータをマウスにマップしても同じ哺乳類なので、そこそこマップされるでしょうし。。。 私だったら、特に考えずにmm9にマップしちゃって、リード数である程度補正した結果が似ていれば、そのまま解析を進めるんじゃないかと思います。 例えば0.98と0.90の違いが大きいともし思われているようでしたら、まるで的外れな回答ですのですいません。。。

回答日 Feb 24 '11 at 16:09

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かどた
1861410

早速のお答えありがとうございます。 アセンブルされた配列は手に入れることができるということですね。 mm9のアノテーションがついているシークエンスごとそれぞれにBalb/cのどこにあたるのかアラインメントしてみて、それに基づいてアノテーションを作成してみようかと思います・・・ 結構大変ですよねぇ・・・

(Feb 24 '11 at 17:22) gatapishi gatapishi's gravatar image

とりあえず、mm9にマッピングしてみてそのマップ率でその後の進め方をきめてみるのもいいですね。シーケンス結果が出たら、一度、試してみようと思います。

(Feb 24 '11 at 17:58) gatapishi gatapishi's gravatar image
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質問日: Feb 24 '11 at 15:54

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最終更新日: May 14 '13 at 00:34

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