ログイン 概要 よくある質問
1
1

新型シーケンサーの生データアーカイブは現在NCBI/EBI/DDBJで行っています。NCBIのファンドレイズ失敗で各国で再議論が始まりました。 コストと価値のバランスを考えるために 再利用の目論見 見込み アーカイブの目的を共有したいと思います。 現在のアーカイブの様子は仲里's SRA目次でよくわかります。 世界中のシーケンサの分布はJames Hadfield (Cancer Research UK, Cambridge)

質問日 Feb 25 '11 at 14:45

okubo's gravatar image

okubo
1312913

edited Feb 27 '11 at 14:09


Genbank/Embl/DDBJの、第一義的な役割は「倉庫」にあると考えています。 ですので、Nativeを保存することが望ましい。 イメージファイルがない時点で、pureなNativeとは言えないのですが、可能な限りNativeに近いデータを保存するのが望ましい。 SRAはNativeを管理しやすいように、ラップし、付加情報を追加したものなので、当面は、SRAで保存するのが、良いように思います。 より良いラップ形式が出てくれば、それに変えてよいでしょう。 すみお 

デジタルアーカイブには常に機器の陳腐化にともない旧ディスクから新ディスクへの移し替えが求められます。 コピーに数か月かかるような事態もすぐそこに来ているようです。このようなコストをよく見積もる必要がありそうだと思います。 OK 

回答日 Feb 25 '11 at 17:48

okubo's gravatar image

okubo
1312913

  1. 同じ生データからアセンブリやマッピングを別のパラメータやプログラムでやり直す
  2. 別のデータセットを混ぜて 再アセンブリをやってみる 
  3. 新アセンブラーの開発時に試験データとして使ってみる 程度のことは思いつきます。 これならFastQですみます intensity つきデータから fastQをはかせる部分のプログラムを外部で改良する余地は? してるひとはいる? intensity data も使うようなアセンブリの開発ってあるんでしょうか?

回答日 Feb 25 '11 at 18:43

okubo's gravatar image

okubo
1312913

あなたの回答
プレビューをトグルする

この質問をフォローする

By Email:

Once you sign in you will be able to subscribe for any updates here

By RSS:

回答

回答とコメント

タグ:

×47
×13
×13

質問日: Feb 25 '11 at 14:45

閲覧数: 2,177 回

最終更新日: Feb 27 '11 at 14:09

powered by OSQA