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CLC WorkbentchというソフトでSAGE解析を始めています。シークエンス生データからSAGEタグ配列を取り出し、配列ごとカウントさせた後、公共のリファレンスcDNA配列データを加工して"virtual tag"を作成し、カウントされた生データとvirtual tagを照合させることができます。ただ、私が見つけることができたリファレンスcDNA配列データは、シークエンスデータのほかにはアクセッション番号しか書かれておらず、virtual tagと一致したタグカウントデータはアクセッション番号しか参照することができません。

fasta形式で、シークエンスとともに遺伝子名が入った(アクセッション番号も?)データを入手する方法、あるいはデータを作成する方法はないでしょうか?マウスの遺伝子を解析しています。

質問日 Mar 04 '11 at 11:11

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fumumumu
121157


すいません、調べ方が浅かったです。
BioMartでできました。トップページ>Ensembleとすすみ
DatasetをMus musculus genes (NCBIM37)
AttributesをSequence
さらに今回の目的では
+SEQUENCEを開いてcDNA sequence
そして目的の部分は
+Header Informationで
Description
Associated Gene Name
として、Resultタブから
Export all results toを
compressed file (.gz) FASTA Unique results only
でGoを押しました。現在ダウンロード中です。

お騒がせしました。

回答日 Mar 04 '11 at 13:36

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fumumumu
121157

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質問日: Mar 04 '11 at 11:11

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最終更新日: Mar 04 '11 at 13:36

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