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マウスの全遺伝子について、転写因子のみを探し出し、 ダウンロードする方法を教えてください。

以前、PantherやEmsemblのbiomartを使って試してみましたが、 思ったような結果が得られませんでした。 転写因子名、モチーフ名など簡単な情報がわかれば大丈夫です。

よろしくお願い致します。

質問日 Apr 15 '11 at 14:14

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porcine
1247


Gene Ontology Database を使うのはどうでしょう? トップページで"GO term or ID"を選択して、"transcription factor"とキーワードを入力してください。 エンターを押すと転写因子に関連するGO termが表示され、その内のひとつ("transcription factor binding"で いいと思います)を選びます。左上の方に"** gene products"とあるのでそこをクリックするとこのGO termを 持つ遺伝子リストが表示されます。マウスデータのみを取り出す場合はspeciesでマウスを選択し、filterを かけることで得られます。ただこの方法ではモチーフ名まではわかりません。

回答日 Apr 15 '11 at 14:37

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Tanakky
121138

edited May 24 '13 at 00:25

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mn3 ♦♦
5154922

教えてくださった通りにやりましたらできました。 以前から困っていたのでとても助かりました。 どうもありがとうございます。

(Apr 15 '11 at 15:42) porcine porcine's gravatar image
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質問日: Apr 15 '11 at 14:14

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最終更新日: May 24 '13 at 00:25

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