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バクテリアの株間のオーソログを推定したいと思っています。 NCBIにゲノム配列が公開されている20株に、手持ちの40株を加えて、60株間でのオーソログを探す予定です。手持ち40株は全ゲノム配列はわかっていませんが、部分配列から90%程度の数をカバーする遺伝子を推定してあります。そこでオーソログの推定方法なのですが、

  1. 基準株を1つ決めて、それに対するBest Reciprocal Hitを、各株のオーソログとみなす
  2. 60株x59株総当たりでBest Reciprocal Hitを調べて、全ペア間でBest Hitのものをオーソログとみなす
  3. フリーソフトを使って推定する

などの方法を考えています。フリーソフトとしては、DomClustOrthoMCLを調べています。(OrthoMCLは真核生物用なのでしょうか?調べた論文ではバクテリアの遺伝子に対して使っていましたが)

オーソログの推定に関して、お勧めの方法やソフトがありましたら、ご紹介ください。

質問日 May 24 '11 at 19:17

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hesonashi
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edited May 24 '13 at 00:37

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mn3 ♦♦
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質問日: May 24 '11 at 19:17

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最終更新日: May 24 '13 at 00:37

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