Orthologの推定に役立つソフトは？

バクテリアの株間のオーソログを推定したいと思っています。 NCBIにゲノム配列が公開されている20株に、手持ちの40株を加えて、60株間でのオーソログを探す予定です。手持ち40株は全ゲノム配列はわかっていませんが、部分配列から90%程度の数をカバーする遺伝子を推定してあります。そこでオーソログの推定方法なのですが、

1. 基準株を１つ決めて、それに対するBest Reciprocal Hitを、各株のオーソログとみなす
2. 60株x59株総当たりでBest Reciprocal Hitを調べて、全ペア間でBest Hitのものをオーソログとみなす
3. フリーソフトを使って推定する

などの方法を考えています。フリーソフトとしては、DomClustやOrthoMCLを調べています。（OrthoMCLは真核生物用なのでしょうか？調べた論文ではバクテリアの遺伝子に対して使っていましたが）

オーソログの推定に関して、お勧めの方法やソフトがありましたら、ご紹介ください。