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興味としての質問です。 この界隈で10年前というとずいぶん大昔というレベルではないか思います。

では、その大昔から生き残っている(?)ツールにはどんな物があるのでしょうか?

一時期は定番だった[GCG](http://en.wikipedia.org/wiki/GCG_(software) )(ツール群・現在は開発終了)やfasta(相同性検索ツールの方)は大分見かけなくなりました。 デファクトスタンダードともいえるツールが多いとは思いますが、挙げて頂ければ幸いです。

  1. BLAST(legacy blast) 配列相同性検索
  2. primer3 プライマ配列作成
  3. clustalw マルチプルアライメント
  4. repeatmasker

質問日 May 26 '11 at 09:38

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edited May 27 '11 at 00:30

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mn3 ♦♦
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バージョンは違いますがHMMERは欠かせないでしょう。あとは何気にGCG後続のEMBOSSBioPerlももう10年以上使われています。FASTA自体は使う事は減りましたが、パッケージ内のssearchは相変わらず良く使います。

他にも ・アセンブリーならPhred/PhrapSIM4/CAP3(これは生き残っているか微妙かもですが、内部で他のパイプラインで使われているのは良く眼にします) ・遺伝子予測なら形をかえながら(バージョンや名前) GlimmerGenscanExonerateGenewise) ・二次構造予測ならrnafold ・系統関係ではPHYLIPMEGAなど ・局在予測ではバージョンや名前を変えながらPSORT などなど、逆に既に10年という時間はこの分野でもそんなに昔ではないのかもしれません。

回答日 May 26 '11 at 11:17

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edited May 27 '11 at 00:37

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mn3 ♦♦
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御返答ありがとうございます。EMBOSSが10年たっていましたか。 そうなると、HMMERを含めて使っているInterProScanやゲノムブラウザのArtemisあたりも歴史ありそうです。

Human genome(draft)で、当時のcelera genomicsが多数のワークステーションで解析をしていたという話を調べた所2000年の話題だったので、丁度10年前がゲノム大規模解析の始まりの時期でそのころの基盤が今に続いているのかなという印象もあります。

(May 28 '11 at 10:56) mya_ ♦ mya_'s gravatar image
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質問日: May 26 '11 at 09:38

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最終更新日: May 28 '11 at 10:56

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