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先日からsamtoolsを使い始めて、わからない点が2つあったので教えて下さい。

1、リファレンスゲノム用のindexが作成できない samtools faidx ref.fastaとやると [fai_build_core] different line length in sequence '(null)'. Segmentation fault となってしまい作成できない。

2、samtools viewのオプションの使い方がわからない。 mappingされたものとmappingされてないものを Samtools view -f p -F P で抽出できるようですが、pやPの意味がわからない。また他にもよく使うオプションがあったら教えて下さい。

ずっとwetな研究をしてき