trans-abyssのインストール

ド素人の質問申し訳ありません。

manualを読みながらtrans-ABySSをインストールしようとしているのですが、 setupするまでがよくわかりません。

pythonは最新ver.をインストールして、Perlはmacなのかv5.10.0がもともと入ってPATHも加えてありました。

そこでmanual通り

export TRANSABYSS_PATH=/home/user/Desktop/trans-ABySS

export PYTHONPATH=.:$PYTHONPATH:$TRANSABYSS_PATH

export PERL5LIB=.:$PERL5LIB:$TRANSABYSS_PATH/wrappers

をやった後にsetupしたのですがPermission deniedとなってしまいます。

どなたかご助言いただけると、幸いです。

よろしくお願いします。

trans-abyss ngs

質問日 Jun 12 '11 at 18:37

pan
1●2●6●7

One Answer:

回答順最新支持されている順

macユーザでないので確証はありませんが、 permission deniedは権限の無いユーザーでコマンドを実行した際に出るUNIX/LINUX系のメッセージと同じだと思うので、権限のあるユーザ(rootとか)で再実行するか、 sudo export.. としてはどうでしょう。"mac permission denied"でgoogle検索などすれば、関係ありそうな文章はたくさん出てくる気がします。

回答日 Jun 14 '11 at 13:09

nob_fj ♦
507●8●16●28

お返事ありがとうございます。 permission deniedは解決したのですが、今度はノーリアクションで実行できません。おそらくPATHの設定が悪いのではないかと思います。pythonもPerlインストールしたら PATHの設定されているので必要ない？のでmunualの意味がよくわかりません。どのファイルをPATH設定したらようのでしょうか？？

(Jun 15 '11 at 16:29) pan

version1.2のパッケージの中身を見てみていますが、 trans-ABySS-v1.2.0.tar/trans-ABySS/README に書いてある EXTERNAL SOFTWARE DEPENDENCIES に記載のある以下のツール群はインストール済みですか？結構前提を満たす自体がハードなツールという印象ですが。

Blat
Pysam
BioPython
Samtools
Bowtie
Perl moduleのConfig::General、IO::Compress
BWA

(Jun 15 '11 at 19:21) nob_fj ♦

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質問日: Jun 12 '11 at 18:37

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最終更新日: Jun 15 '11 at 20:10

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