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数日来twitter上で話題になっていた1000 Genomesのデータですが、

  • NCBI or EBI にしかデータがない
  • アライメントしたものを .bam ファイルで公開

という状態で、例えば99人の日本人データで容量が1.7TBほどもあり、これらはいずれ dbSNP に吸収されるのかもしれませんが, 今のところ whole exome 1179人分は .bam での公開で、ダウンロードが大変困難な状況です。

関係する研究者がほぼ同じ処理をしてるので、支援するという観点では資する所があると思います。ですので、

  • 日本国内でダウンロードサイトがある
  • また1000g の性質から .bam からさらに変異を取り出した .pileup/.vcf データも入手可にする

などの対策はできませんでしょうか?

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質問日 Jul 27 '11 at 16:20

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hub ♦♦
2885916

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実際どれくらいの研究者から, 要望がでるのか知りたいですね. 僕はこういう形のサポートがあると時間節約できるので, とてもありがたいのです.

(Jul 27 '11 at 17:51) ma_ko ♦♦ ma_ko's gravatar image

JPT (日本人集団) 99サンプルを処理している日本の研究者は多そうですが, 残り1000余りの他集団サンプルを自力でやっている方は少なそうなので, ここらへんを協力し合えるとメリットありそうですね.

(Jul 28 '11 at 10:06) ma_ko ♦♦ ma_ko's gravatar image
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質問日: Jul 27 '11 at 16:20

閲覧数: 2,946 回

最終更新日: Oct 24 '12 at 23:25

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