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最近さみしい状態になっておりますが、お聞きしたいことがあり投稿させていただきます。

当方、NGSでsmallRNAを解析しております。すでに報告されているmiRNAにつきましてはmiRBaseなどで検索できますが、新しく発見できたmiRNAに関しましてそのターゲットとなる可能性のある遺伝子を予測する方法を探しております。まとめて処理できなくても一対一で配列を比較してターゲットになる確率がスコアーで出力されるようなプログラムでも非常に助かるのですが、そのようなプログラムはありますでしょうか? ぜひアドバイスをよろしくお願いいたします。あまり、そのようなものがないようでしたら、プログラムする際に参考になるアルゴリズムでも非常に助かります。

質問日 Oct 30 '11 at 22:59

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gatapishi
712711


miRNAの標的予測では TargetScan, PicTar, miRanda などが有名です。他にも RNA22, PITA, ... など幾つかpublishされています。ただしプログラムによるmiRNAの標的予測はfalse positiveがひじょうに多いのが現状です。複数のプログラムで予測した結果どうしを比較するとあまり重ならなかったりするようです。

また、簡易的で非常に大雑把な絞り込みでしたら、miRNAのseedと完全に相補的な配列を3' UTRにもつ遺伝子を検索すればよいと思います。このような記事もあります:http://bit.ly/l7evyN (統合遺伝子検索GGRNAの応用:miRNAとseedマッチする遺伝子の探索)

標的予測プログラムが当たらない理由のひとつは、標的RNAの2次構造やRNA結合タンパクの存在がプログラムでは考慮されていないからかもしれません。最終的には、実験的にmiRNAを導入(または強制発現)したり、Tough Decoy等で阻害したときに変動する遺伝子を取ってしまったほうが早いかもしれません。

回答日 Oct 31 '11 at 01:23

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meso
176135

edited Oct 24 '12 at 23:18

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mn3 ♦♦
5154922

早速のお返事ありがとうございます。さっそく論文二つチェックさせていただきます。

(Oct 31 '11 at 01:00) gatapishi gatapishi's gravatar image

情報、大変参考になりました。また、お礼が遅くなり大変失礼致します。

(Jan 30 '12 at 10:42) nob_fj ♦ nob_fj's gravatar image

私もちょうど調査中ですが、たまたま今見ていた論文にあったリファレンスですので、自分で試したわけではないですが...。

Nucleic Acids Res. 2006 Jul 1;34(Web Server issue):W451-4. "RNAhybrid: microRNA target prediction easy, fast and flexible." Kruger J

Genome Biol. 2010;11(8):R90. Epub 2010 Aug 27. "Comprehensive modeling of microRNA targets predicts functional non-conserved and non-canonical sites." Betel D

他にもあると思いますが取り急ぎ。 もし他に詳しい方がおられたら私も使用感や比較の感触など知りたいです。

回答日 Oct 30 '11 at 23:52

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nob_fj ♦
50761328

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質問日: Oct 30 '11 at 22:59

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最終更新日: Oct 24 '12 at 23:18

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