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あるGEO SeriesがSuperSeries(いくつかのSeriesがまとまったSeries)である場合には,SOFTファイルのSeries_summaryにSuperSeriesであることが記述されます.

R/BioConductorにはGEOデータを扱うGEOqueryライブラリがあり,getGEO(gse_id)とすると,そのIDのSOFTファイルを読み込みます.

library(GEOquery)
gse <- getGEO("GSE20861")

このgseの中にSeries_summaryが入っていると思うのですが,どのように探せば良いのでしょうか?

GSE20861はSuperSeriesの例 )

質問日 Jan 16 '12 at 20:30

dancing_infobio's gravatar image

dancing_infobio
236

edited Jan 16 '12 at 21:42


GSE から それぞれの GSM を取り出して、series_id をみればよいと思います。SuperSeries があれば元の GSE ID だけでなく、SubSeries の GSE ID も返ってきます。

https://gist.github.com/1620637

回答日 Jan 16 '12 at 21:27

dritoshi's gravatar image

dritoshi ♦
19615

edited Jan 16 '12 at 21:30

なるほど. SubSeriesのGSEから始めた場合には,SuperSeriesも返ってくるので,Super/Subは包含関係から類推することになりますか.

(Jan 16 '12 at 21:52) dancing_infobio dancing_infobio's gravatar image

Super から始めた場合、a の1カラム目がいくつかの ID になり、2カラム目がすべて Super の ID になるはず。 Sub から始めた場合は、1 カラム目が自分の ID しかなく、2カラム目がすべて Super の ID になっているはず。

多重とか Super が2つ以上ある場合が想定されるなら、類推はもう少し複雑になりそうですね。

(Jan 16 '12 at 22:03) dritoshi ♦ dritoshi's gravatar image

Sub,Super と 1,2カラム目の関係を10以上のSuperSeriesで確認しました.これはSuperのID番号はSubよりも大きいというのに基づいているでしょうか?

ともあれ,自分自身が1カラム目でなければSuperSeriesであることを疑う,というので良さそうですね. ありがとうございます.

(Jan 17 '12 at 21:31) dancing_infobio dancing_infobio's gravatar image
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質問日: Jan 16 '12 at 20:30

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最終更新日: Jan 17 '12 at 21:31

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