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ChEMBLを利用していますが、化合物情報をsdf形式でダウンロードするにはどうすればいいのでしょうか?

例) CHEMBL1134744 Bioorg. Med. Chem. Lett. (2001) 11:2951-2954

質問日 Aug 24 '12 at 05:44

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kzfm
1112


Compound Summaries セクションの各チャートの右側にメニューがあり、そこから操作するとSDFをダウンロードできます。

操作手順図

  1. クリックしてメニューを出す
  2. Display All Records を選択すると化合物の表のあるページに遷移する
  3. 右上のメニュー "Please select ..." から Download (SDF) を選択する
  4. ダウンロードがはじまる

回答日 Aug 24 '12 at 08:48

mn3's gravatar image

mn3 ♦♦
5154922

題意に沿わないかもしれませんが、 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBLdb/releases/chembl_14/ から、chembl_14.sdf.gzを取得するとか NCBI pubchemでSOURCEとしてChEMBLで検索しSDFをダウンロードすることが できます。後者のほうは正確ではないかもしれませんが複数のSOURCEのAND/ORが できるので重宝しています。

回答日 Aug 30 '12 at 03:42

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zgmfx20a
111

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質問日: Aug 24 '12 at 05:44

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最終更新日: Aug 30 '12 at 03:42

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