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de novo assemblyをしようとした場合、ヘテロなサイト(もしくはインデル)を含む場合(どのようなケースはbubbleと呼ばれていると思いますが)、de Bruijn graphを使ったアセンブラー(soapdenovo, allpath-lgなど)ではどのように処理しているのでしょうか?

ざっくりとした質問で恐縮ですが何かしら教えていただけると幸いです。

質問日 Aug 31 '12 at 16:32

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yasugoyasu
2623

ただのコメントでしかありませんが、既存のアセンブラではヘテロなサイトがあった場合にはそのまま別のパスとして(bubbleになったり)traversing(という表現でいいのだろうか...)されるだけなのでしょう。それゆえPlatanus(http://platanus.bio.titech.ac.jp/?lang=ja)などのヘテロに対して頑健であることを目指した方法が開発されているんでしょうね。。。

(Sep 10 '12 at 14:12) かどた %E3%81%8B%E3%81%A9%E3%81%9F's gravatar image

かどたさん

コメントありがとうございます。既存のアセンブラだとヘテロなサイトがあった場合、bubbleをつぶさずにアウトプットとしては別のfastaファイルとして出力されるということなのでしょうか?またPlatanusはどのようにヘテロに対して頑強性を備えているのでしょうか?(「伊藤先生に直接聞け!」と突っ込まれそうですが。。。)

(Sep 10 '12 at 15:03) yasugoyasu yasugoyasu's gravatar image

ヘテロなサイトがあって、「coverageに大きな違いがない場合は」bubbleをつぶさずにアウトプットとしては別のfastaファイルとして出力されるだと思います。もっとも、私自身はゲノムアセンブリはやったことすらありませんが...。「伊藤先生に直接聞け!」でお願いしますー~~~。何しろやったことない人ですので。。。orz

(Sep 10 '12 at 17:16) かどた %E3%81%8B%E3%81%A9%E3%81%9F's gravatar image

ありがとうございます。伊藤先生に直接聞いてみます。また、何かわかったらここにも情報upします。

(Sep 10 '12 at 17:22) yasugoyasu yasugoyasu's gravatar image
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質問日: Aug 31 '12 at 16:32

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最終更新日: Oct 24 '12 at 23:12

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