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ローカルでGalaxyをセットアップして、大きなデータ(といってもGA125ペアエンド1ラン程度です)を扱おうと思っているのですが、デフォルトでは、データが同じマシン内なのにHTMLまたはFTPで転送しなくてはならず、これがものすごく遅い(というかおそらく進んでいない)のです。adminならばローカルのファイルを指定して直接いじることができるとのことですが、その方法をご存知の方がいたら教えて頂けないでしょうか?Galaxy wikiなどを見ましたが、答えをみつけられないのでこちらに相談しています。

質問日 Nov 24 '12 at 16:24

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chelidphile
113

edited Nov 24 '12 at 16:24


これですね。

link text

http://wiki.galaxyproject.org/Admin/Data%20Libraries/Uploading%20Library%20Files

回答日 Nov 24 '12 at 17:05

mtothen2's gravatar image

mtothen2
111

edited Nov 24 '12 at 17:08

ありがとうございます。 "Upload directory of files"がそれっぽいとは思うのですが、Upload filesのウィンドウのUpload optionメニューを見てみるのですが、wikiでは"Upload files"、"Upload directory of files"、"Upload files from filesystem paths"と"Import datasets from your current history"の4つのオプションがあるはずなのですが、なぜか私のローカルのGalaxyには"Upload files"と"Import datasets from your current history"の2つのオプションだけしか現れないのです。セッティングが間違っているっぽいのですが、どこを修正したらよいのか、教えて頂けると幸いです。

(Nov 24 '12 at 23:25) chelidphile chelidphile's gravatar image
1

Adminのメニューは出ているでしょうか。 link text link text

(Nov 24 '12 at 23:36) mtothen2 mtothen2's gravatar image

universe_wsgi.ini の #admin_users = None のところを有効化(自分のユーザ名を指定)すると、Adminメニューが表示できるようになります。

(May 29 '13 at 22:36) mn3 ♦♦ mn3's gravatar image
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質問日: Nov 24 '12 at 16:24

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最終更新日: May 29 '13 at 22:36

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