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いつも参考にさせてもらっています。

今までAgilentのBioAnalyzerを使って、RNA-seqライブラリ調製前のTotal RNAを流していました。 今回初めてTapeStationのR6Kで、Total RNAを流してみました。

ヒトの全血からかなりキレイに取ったはずのTotal RNAが、RINの値が低め(6ぐらい) に出ています。以前、BioAanalyzerとTapeStationのRINの計算方法が異なると聞いた ことがありますが、実際にTapeStationを使われている方は、どう判断されているのでしょうか?

質問日 Apr 19 '13 at 16:39

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だいこん
111


TapeStationのユーザーではないですが、気になったので調べてみたところ、 リンク先にあるように、TapeStationは18sまでのFast領域でのシグナルを基にRIN値を計算しているようです。 この資料には相関があると書かれているので、理論上ではありますが(かなりキレイにというものがどういう意味かにもよりますが) 18s、28sのピークが安定しているようであれば、"だいこん"さんのサンプルでは GenomicDNAなどのRNA以外の分解産物の混入を疑ってみてはいかがでしょう?   http://www.chem-agilent.com/pdf/5990-9613EN_RINe.pdf  

回答日 Apr 23 '13 at 20:39

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いきものや
111

edited Apr 30 '13 at 23:04

mn3's gravatar image

mn3 ♦♦
5154922

いきものやさん、ご回答ありがとうございます。 確かに、GenomeDNAなどの混入の有無は、他の手段ではまだ確認しておりませんでした。 分解産物の混入についても調べてみます。

(Apr 24 '13 at 09:56) だいこん %E3%81%A0%E3%81%84%E3%81%93%E3%82%93's gravatar image
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質問日: Apr 19 '13 at 16:39

閲覧数: 3,840 回

最終更新日: Apr 30 '13 at 23:04

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