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Galaxyをローカルマシンにインストールしています。ソースコードを取得して、sh run.sh して起動しただけでは、intervalデータ型のヒストリに、display at Ensembl は表示されましたが、display at UCSC main リンクが表示されませんでした。これを表示するにはどのように設定したらよいのでしょうか?

質問日 May 24 '13 at 00:07

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edited May 24 '13 at 00:09


自己解決できました。

universe_wsgi.ini の ucsc_display_sites の値とtool-data/shared/ucsc/ucsc_build_sites.txt の設定、ヒストリのdatabaseの値がキーポイントでした。

display at UCSC は universe_wsgi.ini の ucsc_display_sites を有効化すると表示できる状態になります。 表示されるには、database (dbkey) の値が、ヒストリとucsc_build_sites.txtで一致するブラウザをucsc_display_sitesに指定しているかによります。

たとえば、database = hg19 の場合なら、(1) ucsc_build_sites.txt の main の値に hg19 を追加して、ucsc_display_sites = main とするか、(2) ucsc_display_sites = psu bx main とするとヒストリにリンクが現れるようになります。

回答日 May 25 '13 at 12:12

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質問日: May 24 '13 at 00:07

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最終更新日: May 25 '13 at 12:12

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