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blastのコマンドで -F F(低複雑度領域(フィルタ)のマスクをオフにする。)に blast+で当たるものをご存知の方がいらしたら教えてください。 -soft_maskingかと思ったのですが、ちょっと違いそうなのです。 よろしくお願いします。

質問日 Nov 25 '10 at 16:45

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maoringo
76146

edited Nov 26 '10 at 10:50

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mn3 ♦♦
5154922


対核酸なら、-dust no、対アミノ酸なら -seg noが相当するかと思います。 blastn(blastp) -helpでチェックしてみてください。(blastallと違い、プログラムが分割されたためhelp内容がそれぞれ異なります)

legacy blastでのfilterが何なのかはBLAST cgiの解説ページが解りやすいです。

回答日 Nov 25 '10 at 17:06

mya_'s gravatar image

mya_ ♦
3881914

edited Nov 25 '10 at 17:23

mya_ さんありがとうございます! 試してみます。

(Nov 25 '10 at 19:52) maoringo maoringo's gravatar image

また、普段あまりblastを使わないのですが、テストファイルを作るのに、良い方法がありましたら、教えていただけますか。

(Nov 25 '10 at 19:57) maoringo maoringo's gravatar image

質問項目の分割が要るような気がしますが、β運用ということだそうで、細かい所がよくわかりませんのでこちらに記入します。

"blast+を動作させて何らかの結果を返し正常終了させる"ためのテストファイルの作り方、 という意味で聞かれているのでしたら、NCBI enterzやKEGG genome、どこからでも任意の(自分の好きな)塩基・アミノ酸配列を入手し、 makeblastdbコマンドで自前のデータベースを作成、そして入手した配列の一部分を切り出してquery(input)側のファイルとすれば確実に相同領域のあるテストセットになるのではないでしょうか。

(Nov 26 '10 at 10:33) mya_ ♦ mya_'s gravatar image

可能であれば質問を分割して下さい。分割して、質問文がタイトルやURLにあるようにすることが検索エンジンから質問と回答に到達しやすくなることにつながります。よろしくお願いします。

(Nov 27 '10 at 16:36) mn3 ♦♦ mn3's gravatar image

mya_さん、ありがとうございます。遅くなってしまってすみません。配列、見つけられました。ありがとうございます。

mn3さん コメントありがとうございます。次回から、そうさせていただきます。ありがとうございます。

(Dec 02 '10 at 09:27) maoringo maoringo's gravatar image
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質問日: Nov 25 '10 at 16:45

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最終更新日: Dec 02 '10 at 09:27

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