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お世話になっております。

Mac OSX10.8 のターミナルをNGS解析に使っている初心者です。

Bowtie を使ってReference genomeにマッピング、SAM ファイルやBAM ファイルの作成、IGVによる可視化はなんとか出来るレベルです。現在、リード数の定量をするために、Cufflinks のバイナリ版をダウンロード、解凍しました。ところが実行しようとしても、

-bash: cufflinks: command not found

となってしまい実行できません。いろんなサイトを参考に調べ、バイナリ版を入手するのが簡単、と書いてありましたが、 なぜうまく実行できないのか分からず、往生しております。

この質問をさせて頂くにあたり、細かい環境を記すべきかと思いますが、 何をお示しすれば良いのかも分からない初心者レベルです。 ご迷惑をおかけすると思いますが何か打開策をご教授頂けないでしょうか? どうかよろしくお願い致します。

質問日 Apr 07 '14 at 23:15

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megu
124


ターミナル.app を起動して、以下のコマンドを入力します。

$ echo $PATH

表示されるディレクトリに、cufflinks のコマンドが入っているかを確認してみてください。

もしこれが原因ならば、Unix/Linux のシェルとパスという概念を理解すると良いでしょう。 OS Xも Unix です。以下の教科書の3.2, 3.5が参考になるはずです。フリーです。

Linux標準教科書(Ver2.0.0)

もしコマンドパスに cufflinks コマンドが入っているなら別な問題ですので、 いちからどのように操作したのか、説明してもらえると原因がわかるかも しれません。

回答日 Apr 07 '14 at 23:26

dritoshi's gravatar image

dritoshi ♦
19615

edited Apr 07 '14 at 23:38

とりあえず、解凍したフォルダの中で、

./cufflinks

で実行できるかどうか確認。 できるならば、PATHが通っていないだけなので

pwd

で出てくる文字列を HOGE とすると、それを、.bashrc の中で一番下にでも、

PATH=HOGE:$PATH

export PATH

とする。

最初の

./cufflinks

でだめならまた聞いてください。

回答日 Apr 08 '14 at 00:16

gatapishi's gravatar image

gatapishi
712711

補足です。以上の pwd 以降は下記の方法で一発で実行できます。

export PATH=`pwd`:$PATH

(Apr 08 '14 at 12:58) yayamamo ♦♦ yayamamo's gravatar image

dritoshi 様、gatapishi 様

早速のお返事を頂き、誠にありがとうございました。 おかげさまで、Cufflinks のPATHを通し、実行することが出来ました。

あ、すみません、書き途中に投稿してしまいました。

とにかく前進出来て本当にうれしいです。 Linux は、出来るようになる喜びが原動力になる、感じです。 これからも頑張ります。 本当にありがとうございました。

敬具

回答日 Apr 08 '14 at 13:28

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megu
124

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質問日: Apr 07 '14 at 23:15

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最終更新日: Apr 08 '14 at 13:28

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