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いつもお世話になっております。 Mac OSX 10.9.5 のターミナルを使用し、NGS解析に取り組んでおります。

UCSC からマウスゲノム(mm10)のデータを取得するため、mm10.2bit をダウンロードしました。 勉強ののち、twoBitToFa を取得し、PATH を通しました($ echo $PATH で確認)。なお、$ ./twoBitToFa を実行すると、usage などが表示されます。

ところが、いざ2bit ファイルをfasta ファイルに変換するため、$ twoBitToFa mm10.2bit mm10.fa を実行しても、 command not found となって実行できません。 SEQansewers も読みながら試行錯誤してますが、解決できません。

なお、$ uname -ps を実行すると、Darwin i386 と表示されます。 また、$ file twoBitToFa を実行すると、twoBitToFa: Mach-O 64-bit executable x86_64 と表示されます。

試行錯誤の次の一手が打てず、往生しております。 どなたかご教授頂けませんでしょうか? お手数をおかけ致しますが、どうか宜しくお願い致します。

質問日 Nov 03 '14 at 17:48

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質問者です。お騒がせして申し訳ございません。知人より、indexしたmm10 配列を入手致しました。実は、現在の環境ではftpサーバーにアクセスできないため、2bit ファイルからの変換を試みていた次第です。結局、ファイル変換は出来ませんでしたが、閲覧して頂いた皆様方に厚く御礼申し上げます。本掲示板にはまたすぐにお世話になるかと思います。いつも本当にありがとうございます。敬具

回答日 Nov 07 '14 at 09:28

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質問日: Nov 03 '14 at 17:48

閲覧数: 2,626 回

最終更新日: Nov 07 '14 at 09:28

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