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たびたび畏れ入ります。Cuffdiff を実行すると、Segmentation fault: 11 と表示され往生しております。 BAM file をsort したものでも同じ結果でした。何か解決するためのコメント、試すべき方法をご教授頂けないでしょうか?

①以下のコマンドを実行しました。テストのため、2サンプルの比較を試みています。

$ cuffdiff -p 4 mm10.gtf -L MPH1,MPH2 -o results MPH1mm10.bam MPH2mm10.bam

②その後に表示される内容をそのまま記します。

Warning: Could not connect to update server to verify current version. Please check at the Cufflinks website (http://cufflinks.cbcb.umd.edu).

[10:25:40] Loading reference annotation. Warning: No conditions are replicated, switching to 'blind' dispersion method

[10:25:44] Inspecting maps and determining fragment length distributions.

Segmentation fault: 11

③ 参考

gtf ファイルはUCSC から自ら取得したもので、Cufflinks, Cuffcompare で得られる結果には遺伝子名が表示されました。なお、iGenome のAnnotation フォルダはなぜか空っぽで、gtf ファイルがありませんでした。また、使用している iMac の性能は以下の通りです。

3.4GHzクアッドコアIntel Core i5, NVIDIA GeForce GTX 775M 2GB GDDR5,

32GB 1600 MHz DDR3 SDRAM - 4x8 GB, 1TB フラッシュストレージ。

そもそも何か根本的な理解が足りないのでしょうか?周りの方々はNGSって何?という感じなので、書籍とネットの先生方だけが頼りです。御多忙のところ申し訳有りませんが、どうか宜しくお願い致します。

敬具

質問日 Nov 07 '14 at 10:51

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ara
123


質問者です。閲覧して頂いた方々ありがとうございました。こちらのサイトに、同様のケースが話題になっておりました。 Cufflinks のversion を2.1.1.、つまり旧バージョンに戻すと良いようです。質問者もこれでCuffdiff を実行することが出来ました。

ttps://groups.google.com/forum/#!topic/tuxedo-tools-users/-lCUNFJe_2c

昨日の丸一日、この問題に悪戦苦闘し落ち込んでおりましたが、これでなんとかなる?、とホッとしました。 自問自答してしまい申し訳有りませんでした。Cuffdiff の次は、R の勉強です。。。。。頑張ります。

ありがとうございました。

敬具

回答日 Nov 07 '14 at 14:19

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ara
123

同様の問題で悩んでいましたが、この情報がきっかけで解決しました。 2.1.1だととりあえず動作しますね。 ありがとうございます。

回答日 Mar 28 at 10:56

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moss
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質問日: Nov 07 '14 at 10:51

閲覧数: 3,929 回

最終更新日: Mar 28 at 10:56

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