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今回このQAサイトを利用させて頂く理由は、コピー数多型(CNV)解析に関する質問です。 現在1000人以上の検体を使ってCNV解析を行っていて、CNVcallにCNVPartitionとPennCNVを使っています。個人のアレイデータに関してこの2つのツールを使って共通のCNVを抽出しているのですが、今度は個体間で比較して共通のCNVを抽出したいと考えています。つまり調べている1000人の集団では、commonのCNVが幾つあって、gainがその内何個、lossが何個、rareが幾つ、等というデータを出したいのです。現在、PennCNVとかPLINKを調べているのですが、今ひとつはっきりしないので、その為に有効なツールをご存じの方がいらしたら、ご教授頂けると幸甚です。 宜しくお願いいたします。

質問日 Nov 20 '14 at 10:22

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Tsuda
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edited Nov 20 '14 at 10:57

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質問日: Nov 20 '14 at 10:22

閲覧数: 1,881 回

最終更新日: Nov 20 '14 at 10:57

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