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今回はTophat2 (bowtie2)に使用するgenome indexについて質問があり利用させていただきました。

現在TopHat2およびCufflinksを用いたNGSデータ解析を計画しています。
他のツールの出力と比較する為、annotation及びindexデータは"Ensembl release 72"を使用したいと考えています。


Q1) そこで質問ですが、旧バージョンのannotation及びgenome indexをiGenome等でDLすることは可能でしょうか?


不可能であればEnsembl archiveのFTPサイトよりDLし、bowtie2でbuildしようかとも考えています。
annotationデータは、FTP内のGTFファイルを、indexデータはDNAのFASTAファイルをbuildして用いようと考えます。


Q2) そこでさらに質問ですが、indexデータのbuildに当たり、全ゲノムのfaファイルは存在しないのでしょうか。


今回の目的は全ゲノムを対象とするのですが、FTPサイトを見た所、各染色体別のfaファイルしか準備されていません。
これらを必要数つなぎ合わせてgenome indexを作成しても良いものでしょうか。

基本的な質問となり申し訳ありません。どちらか片方でもお答えくだされば幸いです。
どうぞよろしくお願い致します。

質問日 Dec 09 '14 at 23:48

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Kent_allow
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質問日: Dec 09 '14 at 23:48

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最終更新日: Dec 09 '14 at 23:48

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