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「Rで塩基配列解析」をみながら、RNAseq解析をしようとしています。Rは初心者で、試しに適当なリファレンス配列とクエリー配列(共にfasta形式)を用いてmappingを試みています。リストファイルを作成後、以下のコマンドによりQuasRを起動してマッピングを行おうとしましたが、以下のようにbowtieにおいて、”引数の長さが 0 です sh: line 1: 9966 Segmentation fault: 11”というエラーが出てしまい困っております。このような場合の解決策をご存知の方はいらっしゃいますか?

in_f1 <- "mapping1.txt"

in_f2 <- "Ala2.fa"

library(QuasR)

out <- qAlign(in_f1, in_f2)

Creating .fai file for: /Users/ka/Desktop/te/Ala2.fa

alignment files missing - need to: create alignment index for the genome create 1 genomic alignment(s) will start in ..9s..8s..7s..6s..5s..4s..3s..2s..1s

Creating an Rbowtie index for /Users/ka/Desktop/te/Ala2.fa

Finished creating index Testing the compute nodes...OK Loading QuasR on the compute nodes...OK

Available cores: nodeNames ka.biol.sci.u.ac.jp 1

Performing genomic alignments for 1 samples. See progress in the log file: /Users/ka/Desktop/te/QuasR_log_1d53f48759d.txt

以下にエラー checkForRemoteErrors(val) :

one node produced an error: Error on ka.biol.sci.u.ac.jp processing sample /Users/ka/Desktop/te/Ala1.fa : 引数の長さが 0 です sh: line 1: 9966 Segmentation fault: 11

'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rbowtie/bowtie'

'/Users/ka/Desktop/te/Ala2.fa.Rbowtie/bowtieIndex' '/Users/ka/Desktop/te/Ala1.fa' -m 1 --best --strata -v 2 -f -S -p 1 '/var/folders/kg/hrs2ndkn029f978fs1_18s140000gn/T//RtmpF7YdOB/Ala1.fa26e25902bc72.sam' 2>&1

下記にsessionInfo() による情報と使用Macのスペックを示します。どうぞよろしくお願い致します。

sessionInfo() R version 3.1.3 (2015-03-09) Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit) Running under: OS X 10.8.5 (Mountain Lion)

locale: [1] ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8

attached base packages: [1] stats4 parallel stats graphics grDevices utils datasets [8] methods base

other attached packages: [1] GenomicAlignments_1.2.2 Rsamtools_1.18.3
[3] Biostrings_2.34.1 XVector_0.6.0
[5] QuasR_1.6.2 Rbowtie_1.6.0
[7] GenomicRanges_1.18.4 GenomeInfoDb_1.2.4
[9] IRanges_2.0.1 S4Vectors_0.4.0
[11] BiocGenerics_0.12.1 BiocInstaller_1.16.2

loaded via a namespace (and not attached): [1] AnnotationDbi_1.28.2 base64enc_0.1-2 BatchJobs_1.6
[4] BBmisc_1.9 Biobase_2.26.0 BiocParallel_1.0.3
[7] biomaRt_2.22.0 bitops_1.0-6 brew_1.0-6
[10] BSgenome_1.34.1 checkmate_1.5.2 codetools_0.2-11
[13] DBI_0.3.1 digest_0.6.8 fail_1.2
[16] foreach_1.4.2 GenomicFeatures_1.18.6 grid_3.1.3
[19] hwriter_1.3.2 iterators_1.0.7 lattice_0.20-31
[22] latticeExtra_0.6-26 RColorBrewer_1.1-2 RCurl_1.95-4.5
[25] RSQLite_1.0.0 rtracklayer_1.26.3 sendmailR_1.2-1
[28] ShortRead_1.24.0 stringr_0.6.2 tools_3.1.3
[31] XML_3.98-1.1 zlibbioc_1.12.0

Mac Proスペック プロセッサ 2 x 2.66 GHz 6-Core Intel Xeon メモリ 32 GB 1333 MHz DDR3 ECC ソフトウェア OS X 10.8.5(12F45)

質問日 Apr 06 '15 at 17:58

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brown
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