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NCBIなどに蓄積している癌のゲノムデータベースに対してある特別な配列(人にはない配列です)のインテグレーションを調べたいと考えています。 出来ればすべての癌に対して調べたいのですが、 難しいなら特定の癌腫に限定しようと思っています。 どのような手順を踏むのが最短でできますでしょうか? 全てのゲノム配列をダウンロードするのは、かなり大変な作業だと思いますが、ダウンロードする他ないでしょうか? 事前の予想では、予めalignmentの取られている配列だと、除外されているのではと考えていますが、現段階では分かりません。

上記の質問は具体的ではなかったので、変更させていただきます。 https://cghub.ucsc.edu/ 上記よりゲノムデータをダウンロードして、Blast等でサーチできる環境を作りたいのですが、具体的にどのような手順を踏むのがベストでしょうか?

質問日 Oct 17 '15 at 20:01

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Hiroya
12

edited Oct 20 '15 at 17:40


人にはない配列というのは、例えばウイルスゲノムとかのことでしょうか? fastq取ってきてマップして、リファレンス配列にマップされなかったリードを集めて、メタゲノム用のリファレンスかマッパー(私はメタゲノムは未経験です)を使って、それがなんの配列に近いか?見るというのではだめですか?

回答日 Oct 05 at 00:33

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myoshi
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質問日: Oct 17 '15 at 20:01

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最終更新日: Oct 05 at 00:33

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