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NGSデータ解析の初心者です。 現在、RNA-seq解析を行っているのですが、Mapping結果をIGVで可視化するとある遺伝子に対してMappingされていることを確認したのですが、その遺伝子の発現量をCuffdiffで計算したところ、FPKM値が0となりました(gene tracking)。 リードがMappingされているのにFPKM値がなぜ0となるのかわからず困っています。 何か知見があればご教授ください。よろしくお願い致します。

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質問日 Nov 25 '15 at 23:31

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K_Yamashita
12

edited Nov 25 '15 at 23:38


こんにちは。IGVで見えているタグがカウントFPKMでカウントされていないとのことですが、
まず御確認いただきたいのはIGVのreferenceのgenome versionと、ご利用になられているデータの
mapping時のgenomeのバージョン、そして生物種が一致しているかどうかという点だと思います。

IGVで確認しているデータはbamファイルでしょうか(bedファイル, tdfファイルでしょうか)。
以上の点で問題が無いようでしたら、今の情報だけではもしかするとcuffdiffをかけたときに、
データを取り違えているなどの可能性、cuffdiffが途中で止まっていた、ぐらいしかないのではと思います
(cuffdiffではlistを渡しているときに取り違えるなどのhuman errorの可能性もあると思います)。
可能であればpipelineの実行ステップ、programのバージョンを詳細に御記載いただくほうが良いかもしれません。

@suimye

回答日 Jan 05 '16 at 15:57

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suimye
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質問日: Nov 25 '15 at 23:31

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最終更新日: Jan 05 '16 at 15:57

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