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御世話になります. 初心者なので、DDBJ Sequence Read Archive (DRA) から取得したRNA-seqのヒトサンプルデータ数名分を解析しております.

cufflinksのcuffmergeを実行しました. 群内における発現量のばらつきを知りたいのですが、mergedファイル内のgenes.fpkm_tracking(isoforms.fpkm_trackingとどちらが適切かわかりませんが)の結果をみると、FPKM_conf_loとFPKM_conf_hiは同じ値になっています.

これは、うまくmergeできなかったと解釈すればよいでしょうか.

実行コマンドは、cuffmerge -o merged -p 4 -g Homo_sapiens.GRCh38.87.gtf transcripts.gtf.txt です.

どうぞよろしくお願い致します.

質問日 Mar 21 at 17:48

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質問日: Mar 21 at 17:48

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最終更新日: Mar 21 at 17:48

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