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18Sの配列を用いた系統樹解析を行う場合に、18Sが完全長でない場合にどのように解析するのが一般的なのでしょうか。

現在、自身の持つサンプルの18S配列を用いて近縁種との系統樹を作成しようとしているのですが、自身の持つ18Sが完全長ではなく、短いものだと1.1kb程度となっています。 当初は系統樹作成にClustalWを用いたマルチプルアライメント+最尤法での系統樹作成を考えていたのですが、配列長が異なるため、グローバルアライメントでアライメントしてしまうClustalWでは不適切なのでは?と疑問を覚えました。 一般的にはこのような場合どのような形で解析を行うのでしょうか。

近縁種の完全長18S配列と特別な処理をせずに解析を実施するのか、それともローカルアライメントにより共通領域を洗い出し、部分領域でのみ比較をして系統樹を作成するのでしょうか。 ご教授いただけましたら幸甚と存じます。

質問日 Jun 06 at 11:50

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質問日: Jun 06 at 11:50

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最終更新日: Jun 06 at 11:50

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