ログイン 概要 よくある質問

ここ数ヶ月でNGSデータ解析について学んでいます。 現在は主に公共データのChIP-Seqデータのピーク検出や比較を行っています。 今回新たに利用したいデータセットがあるのですが,その利用について少々悩んでおりますので本サイトに投稿しています。 詳しい先生方がいらっしゃいましたらご助言頂けると幸いです。

質問内容は以下の通りです。

異なる機種のIllumina HiSeqを用いて得たSRAデータは互いにデータとして比較することができるのでしょうか。

たとえば,公共ゲノムデータベースGEOに公開されている, GSE86164:Illumina HiSeq 2500を用いて得たChIP-Seqデータ GSE76655:Illumina HiSeq 2000を用いて得たChIP-Seqデータ GSE47043:Illumina HiSeq 2000を用いて得たChIP-SeqデータとRNA-Seqデータ は,FASTQ変換,マッピング,ピーク検出などの処理をした後,ピークコールの違いとして互いのデータを比較できるのでしょうか。 このように公共ゲノムデータベースのデータセット間での比較について悩んでおります。

どうぞよろしくお願いいたします。

質問日 Jan 12 at 18:25

takebo's gravatar image

takebo
1

この質問の最初の回答者になりましょう!
プレビューをトグルする

この質問をフォローする

By Email:

Once you sign in you will be able to subscribe for any updates here

By RSS:

回答

回答とコメント

タグ:

×13
×3

質問日: Jan 12 at 18:25

閲覧数: 116 回

最終更新日: Jan 12 at 18:25

powered by OSQA