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こんにちは

Tophatとcufflinksがインストールできません。 レベルは初心者なので、わけもわからずやっている状態ですが、 DRY解析教本を読みながらコツコツやっています。 いろいろやってみましたが、どうにもなりませんでした。

$brew install tophat Error: No available formula with the name "tophat" ==> Searching for a previously deleted formula (in the last month)... Error: No previously deleted formula found. ==> Searching for similarly named formulae... Error: No similarly named formulae found. ==> Searching taps... ==> Searching taps on GitHub... Error: No formulae found in taps.

$ brew install cufflinks Error: No available formula with the name "cufflinks" ==> Searching for a previously deleted formula (in the last month)... Error: No previously deleted formula found. ==> Searching for similarly named formulae... Error: No similarly named formulae found. ==> Searching taps... ==> Searching taps on GitHub... Error: No formulae found in taps.

$brew tap brewsci/science ==> Tapping brewsci/science Cloning into '/usr/local/Homebrew/Library/Taps/brewsci/homebrew-science'... remote: Counting objects: 468, done. remote: Compressing objects: 100% (465/465), done. remote: Total 468 (delta 1), reused 153 (delta 1), pack-reused 0 Receiving objects: 100% (468/468), 429.98 KiB | 305.00 KiB/s, done. Resolving deltas: 100% (1/1), done. Error: Invalid formula: /usr/local/Homebrew/Library/Taps/brewsci/homebrew-science/Formula/ome-common.rb uninitialized constant #<class:0x00000001032840c0>::MinimumMacOSRequirement Did you mean? MaximumMacOSRequirement Error: Invalid formula: /usr/local/Homebrew/Library/Taps/brewsci/homebrew-science/Formula/ome-files.rb uninitialized constant #<class:0x00000001023892a0>::MinimumMacOSRequirement Did you mean? MaximumMacOSRequirement Error: Invalid formula: /usr/local/Homebrew/Library/Taps/brewsci/homebrew-science/Formula/ome-xml.rb uninitialized constant #<class:0x00000001022e3a08>::MinimumMacOSRequirement Did you mean? MaximumMacOSRequirement Error: Invalid formula: /usr/local/Homebrew/Library/Taps/brewsci/homebrew-science/Formula/osgearth.rb uninitialized constant #<class:0x0000000103086fe8>::MinimumMacOSRequirement Did you mean? MaximumMacOSRequirement Error: Cannot tap brewsci/science: invalid syntax in tap!

$ brew config
HOMEBREW_VERSION: 1.7.0
ORIGIN: https://github.com/Homebrew/brew
HEAD: 7e8fb9a0f8ab5e841763ec6c7fefa72a8462b594
Last commit: 3 days ago
Core tap ORIGIN: https://github.com/Homebrew/homebrew-core
Core tap HEAD: ea3fec61c268ccbbe4172a2f1cbfd08760025cf0
Core tap last commit: 51 minutes ago
HOMEBREW_PREFIX: /usr/local
CPU: quad-core 64-bit skylake
Homebrew Ruby: 2.3.7 => /usr/local/Homebrew/Library/Homebrew/vendor/portable-ruby/2.3.7/bin/ruby
Clang: 9.1 build 902
Git: 2.18.0 => /usr/local/bin/git
Curl: 7.54.0 => /usr/bin/curl
Java: 10.0.2, 1.8.0_121
macOS: 10.13.6-x86_64
CLT: 9.4.1.0.1.1528165917
Xcode: 9.4.1
XQuartz: 2.7.11 => /opt/X11

$ brew list
bam     eigen       ilmbase     numpy       samtools
bedtools    fastqc      jpeg        opencv      sqlite
blast       ffmpeg      lame        openexr     stringtie
boost       gdbm        libidn2     openssl     tbb
bowtie      gettext     libpng      python      wget
bowtie2     git     libtiff     python@2    x264
bwa     hisat2      libunistring    readline    xvid
curl        htslib      lmdb        rmtrash     xz

brewのupdate, upgrade, doctorはしました。問題なかったです。 問題を解決するにあたって何を質問したら良いかもわかっていない状態です。

どうぞよろしくお願いします。

質問日 Jul 19 at 15:29

mikan03's gravatar image

mikan03
32

edited Jul 19 at 15:48


あなたがペーストされたエラーメッセージ

No available formula with the name "tophat"

にある通り、tophatという名前のフォーミュラが利用できない、ということです。あなたの設定されたHomebrewでは、Tophatが利用できないようです。

TopHatのウェブサイト https://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml にも

Please note that TopHat has entered a low maintenance, low support stage as it is now largely superseded by HISAT2 which provides the same core functionality (i.e. spliced alignment of RNA-Seq reads), in a more accurate and much more efficient way.

とあるように、別のソフトウェアを利用された方が良いと思います。

回答日 Jul 19 at 16:06

hub's gravatar image

hub ♦♦
3035916

どうもありがとうございました。

3日間ずっとMacさわりっぱなしでしたが、わかりませんでした。 感動しております。

パッケージングソフトをmacportsに変えてやってみましたが、tophatは無事に入りました。

cufflinksもmacportsで入ったのですが、which cufflinksで反応がないです。 cufflinksがどこにはいったかも、ちょっとわからないので、PATHが通せないです。 また、調べてみます。どうもありがとうございました。

もし、簡単でしたらまたご教示いただけると助かります。

(Jul 19 at 17:37) mikan03 mikan03's gravatar image

連投ですみません。 もしかして、tophat/cufflinksはちょっと古いから HISAT2/StringTie/Ballgown のほうが良いという意味でしょうか? HISAT2/StringTie/Ballgownはさらに情報がないので、難しそうなのでまずはtophatでやってみます。 どうぞよろしくお願いします。

(Jul 19 at 17:42) mikan03 mikan03's gravatar image

DRY解析教本114ページにしたがって作業したら動きました。 which cufflinks /usr/local/bin/cufflinks 私の場合はMacportsで入れたので、sudo port uninstall cufflinks にだけ変更しました。ラボで一人で叫んでいます。小さな一歩ですが頑張ります。

(Jul 19 at 18:29) mikan03 mikan03's gravatar image

自己レスしておきますが、tophatは古いので使わないでくださいと作者の方がいっておられます。hisat2が後継だそうです。結局自分もhisat2にしました。

参照サイト http://togotv.dbcls.jp/ajacs2018008.html

(Jul 28 at 17:17) mikan03 mikan03's gravatar image
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質問日: Jul 19 at 15:29

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最終更新日: Jul 28 at 17:17

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