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度々失礼します、次世代シークエンサーDRY解析教本でCHIPseq解析の勉強をしている初心者です。

bowtieでマッピング後、samファイルをbamファイルに変換しました。 次に教科書通り「samtools sort 検体.bam 検体_sorted」というコマンドでソートをしようとしてもできません。そこでネットを参考に「samtools sort -@ 4 検体.bam 検体_sorted」でやってみましたが、検体_sortedファイルは作成されるのですが肝心の検体_sorted.bamファイルは作成されず、次のindex作成に進めず困っています。

何度もすいません、ご教授よろしくお願いいたします。

質問日 Oct 31 at 07:57

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勝手に_sortedファイルを_sorted.bamに変更したら、どうやらいけるようです。 samtoolsの使い方が以前と変わってしまっているんでしょうか? お騒がせしました。

回答日 Nov 01 at 01:16

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質問日: Oct 31 at 07:57

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最終更新日: Nov 01 at 01:16

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