新型シーケンサデータ保存にどんな形式がありますか？サイズと欠点を

1	DDBJでは native vendor fileから画像を落とした標準形 SRAはあまりかさばるので intensityを落としたSRA-liteでミラーしてます。 ddbj dra sra ngs 質問日 Feb 25 '11 at 15:13 okubo 131●5●9●13 edited Feb 25 '11 at 22:24 ma_ko ♦♦ 371●1●3●12

One Answer:

DRAではFASTQ形式をサポートしております。特徴は下記を御参照ください。

ファイル形式 on ftp server
	FASTQ形式	SRA-Lite形式	SRA形式
DRA	○	○
ERA	○		※※※
SRA		○	○
総サイズ(※)	49TB	95TB	171TB
総サイズ比率(※)	0.29	0.56	1
特徴	配列とQuality Scoreのみ	SRAの軽量版	会社独自シーケンサ生出力形式に変換可
圧縮	外部(※※)	内部	内部
欠点	---	取扱に専用ツール(sra toolkit)が必要	取扱に専用ツール(sra toolkit)が必要ファイルサイズ大

※2011.2.25時点(調査源:FASTQ:DRA, SRA-Lite,SRA:SRA)
※※DRAではbz2圧縮のFASTQファイルを提供
※※※karツール(sra toolkit)展開後の個別ファイル(アーカイブ無)なら有

回答日 Feb 25 '11 at 15:49

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質問日: Feb 25 '11 at 15:13

閲覧数: 14,805 回

最終更新日: Feb 25 '11 at 22:24

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