strand specific RNA-Seqデータ解析におけるtophatの利用について

strand specific RNA-Seqデータ解析におけるtophatの利用について質問させてください。 現在SOLiD™ Whole Transcriptome Analysis Kitで得られたstrand specific RNA-Seqのデータを解析しております。

tophatとcufflinksを用いて発現量について観ようとしているのですが、 tophatのlibrary-typeをtophatのマニュアル通りに --library-type fr-secondstrand と指定すると その後cuffcompareをかけたときのClass Codesが cが3765 eが122 xが10668 とあまりにもxが多い結果となっています。

--library-type fr-firststrand で行ってみると cが9739 eが6870 xが33 となります。

この結果から本当に --library-type fr-secondstrand をつかっていいものかと思っています。

tophatのマニュアルにをよく読むと fr-firststrandはdUTP, NSR, NNSR fr-secondstrand はLigation, Standard SOLiD に適していると書かれています。

私は一般的なRNA ligationを用いたstrand specificなRNA-Seqはfirst strandを dUTPやNNSRはsecond strandをシーケンスすると思っていたのでが違うのでしょうか？ それともtophatのマニュアルがまちがえているのでしょうか。

以上長文となってしまいましたが質問させていただければと思います。