ABySSをインストールしようとしたところエラーが生じました。調べたところgccのバージョンを4.3以上にしなければならず、gmp、mpfr、mpcをインストールしようとしました。gmpとmpfrは多分うまくインストールできたのですが、mpcがうまくインストールできません。 cd mpc-0.9 5 of 60 tests failed make[2]: [check-TESTS] Error 1 というようにエラーが生じてしまいます。 またこの方法で進んでいってよいのでしょうか? ご助言いただけると幸いです。 |
ABySSが使いたいだけなのにgcc関連でループするのも何なので、一応インストールできた方法を書いておきます。
abyss実行できました。ありがとうございます。 ABySS実行できてよかったですね。K-mer分割型アセンブラだと、読み塩基は間違っていても読んでいる塩基数は正しそうという前提でhash組み合わせしたりしますので、そのへんを改良したアセンブラ(CABOGとか)でないと上手くいかないのかも、しれませんね。別の質問は別のスレッドを立てると後々検索しやすく便利ですよ。 |
パス指定から察するに、Mac OS-Xをお使いかという前提で回答してみます。 使っているマシン(Win/Linux/OS-X)とバージョンを書き込むと、もっと適切な回答が返ってくるのではと思います。 ネット検索からの情報を見ると、 あと、まったく本質的な解決方法ではないかとは思いますが、以下も検討してみてください。
使っているマシンはMac OS X 10.6.7です。mpfrとgmpはインストールして、/usr/lacal/include/のなかにgmp.h, mpf2mpfr.h, mpfr.hが入っている状態です。 あげられた解決方法でも検証してみます。 |
ちなみに gmpとmpfrはhttp://blog.chibiegg.net/2009/04/09_11_285.htm を参考にして
mpcは http://www.multiprecision.org/mpc/download/mpc-0.9.pdf を参考にしました。