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もうひとつ初学者的質問をさせてください。 あるウィルス属をouter primer set(sense A, antisense B)で増幅したのち、その中のウィルス種をinner primer set (sense A, antisense C)で検出する手順が文献にのっています。 属を検出することに興味がなくて種だけ検出したい場合は(sense A, antisense C)でいきなりPCRしてしまってもよいように思いますが、いかがでしょうか？ antisense BとantisenseCは４ntほどかぶっています。 ちなみに1段階目はEx Taq polymeraseの存在下で50μLの反応物を35サイクル(94℃ 30秒 に最初のサイクルだけ2分追加、55℃で30秒、72℃で30秒、最終サイクルに7分追加）。2段階目は、先の2μLにPlaitnum taq polymeraseを加えて、25サイクル（94℃ 30秒、最初のサイクルだけ2分追加、55℃で30秒、72℃で30秒、最終サイクルに7分追加）とあります。 2段階を省略して1段階だけにできないものかどうか、ご指導お願いします。 |
