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御世話になります． 初心者なので、DDBJ Sequence Read Archive (DRA) から取得したRNA-seqのヒトサンプルデータ数名分を解析しております． cufflinksのcuffmergeを実行しました． 群内における発現量のばらつきを知りたいのですが、mergedファイル内のgenes.fpkm_tracking（isoforms.fpkm_trackingとどちらが適切かわかりませんが）の結果をみると、FPKM_conf_loとFPKM_conf_hiは同じ値になっています． これは、うまくmergeできなかったと解釈すればよいでしょうか． 実行コマンドは、cuffmerge -o merged -p 4 -g Homo_sapiens.GRCh38.87.gtf transcripts.gtf.txt です． どうぞよろしくお願い致します． |
