Answers to: NGS解析のn次解析の区分けについて

Comment by nob_fj on Eli Kaminuma's 回答

nob_fj — Fri, 03 Dec 2010 01:13:58 +0900

ご回答ありがとうございます。学術的に使用されていないのですね。あまり気にしないことにします。

Answer by Eli Kaminuma

Eli Kaminuma — Thu, 02 Dec 2010 21:58:27 +0900

現時点では、学術的に普及している呼称ではないと思います。理由は、次世代シークエンサ関連bioinformaticsの研究発表会「ISMB HiTSeq 2010」では、1次解析,2次解析,(続)・・という区分呼称を使う様子が見られなかったからです。以下私見です。LifeTech社さんはシーケンサベンダーである為に、ベースコール処理を含む解析全体を3段階に規定。一方、三菱スペース・ソフトウェア株式会社さんは、ベースコール処理後スタートの受託解析が中心である為に、2段階を規定。つまり各社のサービス取扱範囲で処理段階数の定義が異なり、番号付けの混乱は現状避けられないのでは、と考えています。

Comment by nob_fj on mya_'s 回答

nob_fj — Wed, 01 Dec 2010 21:19:19 +0900

答え難い質問に回答くださりありがとうございます。
無知で申し訳ありませんが、そもそも1次、2次といった呼称は、企業だけが使用しており、学術的には使用されていないものなのでしょうか。私の質問の意図としては、区分けの呼称が異なることで混乱しかねない状況があるという認識で、そのような状況は解消したら良いのにと思った次第です。企業だけ使用しているのであれば、ご回答のようにあまり気にする必要はないのかもしれません。

Answer by mya_

mya_ — Tue, 30 Nov 2010 16:30:26 +0900

私見ですが、生データだけ出します、素組までやります、こまかい解析まで行います、という感じで解析の次数は企業が解析料金としてお金を貰う段階によって便宜的に区切られているのではないでしょうか。

具体的な手法はともかく、

シーケンサから出た生画像データからシーケンスファイルを生成。まず配列を得なければ何もできないのでどの解析でも行わなければいけないステップ。
(raw なシーケンスから、何らかの条件をつけて配列のフィルタリング、トリミングを行うのであれば追加処理)
委託元が、計算資源が足りないなどで取得した数百万から数億のバラ配列を処理しきれないのであれば、シーケンスをとりまとめる処理。リファレンスに対するmappingなり、denovo assembleを行う。(１つのソフトウェア単体でフィルタリング、トリミング機能が含まれているのであれば、前述2と3が同じステップになる。)
(アウトプットを解釈しやすい形式に変換する。グラフィカルビューア対応や、サマリ出力などの処理)
出てきたデータに対して、マッピング分布の偏りや特異点検出、配列比較などするのであれば、各アプリケーションで追加解析

というような流れになり、それぞれオーバーラップしたり解析段数が変わったりするでしょうから、個人的にはn次の数字に意味があるような印象は受けていません。

Comment by nob_fj on nob_fj's 質問

nob_fj — Sat, 27 Nov 2010 23:29:09 +0900

mn3様、社名、リンク修正しておきました。

Comment by mn3 on nob_fj's 質問

mn3 — Sat, 27 Nov 2010 16:31:26 +0900

社名を伏せ字にせずに正確に具体的に書いて下さい。参照可能な場合は外部サイトにリンクして下さい。よろしくお願いします！