http://qa.lifesciencedb.jp/questions/125/rna-seq%E3%81%AErrna%E3%81%AE%E9%99%A4%E5%8E%BB<p>mRNA-Seqの情報解析で、なぜかrRNAが混入することが多いようですが、 これを除去するのに使用するrRNA、tRNAの情報はどこから入手するのが一般的でしょうか。 もし自前で除去スクリプトを作成する必要がある場合は、rRNA、tRNAの座標情報を<a href="http://genome.ucsc.edu/">UCSC</a>のどこかから入手し、 マッピング結果中のrRNA、tRNAにヒットした結果レコードを除外するなどの 対応を考えていますが、もっと効率的なツール・方法があったら教えてください。</p>jaFri, 03 Dec 2010 12:17:56 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/125/rna-seq%E3%81%AErrna%E3%81%AE%E9%99%A4%E5%8E%BB/133<p>私はお手軽にはとりあえず<a href="http://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki/tiki-index.php?page=Cufflinks">Cufflinks</a>かけてしまって、予測されたtranscriptに対して<a href="http://www.repeatmasker.org/">RepeatMasker</a>かけちゃったりしています。</p>gaouFri, 03 Dec 2010 12:17:56 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/125/rna-seq%E3%81%AErrna%E3%81%AE%E9%99%A4%E5%8E%BB/133http://qa.lifesciencedb.jp/questions/125/rna-seq%E3%81%AErrna%E3%81%AE%E9%99%A4%E5%8E%BB/129<p>良く調べたら、<a href="http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=5947">同じ質問がSEQAnswersにもありました</a>。 こちらの回答では、<a href="http://code.google.com/p/bedtools/">BEDtools</a>を使用するようですが、あらかじめBED形式のrRNA,tRNA座標情報を用意しておく必要があるようです。</p>nob_fjThu, 02 Dec 2010 22:40:31 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/125/rna-seq%E3%81%AErrna%E3%81%AE%E9%99%A4%E5%8E%BB/129http://qa.lifesciencedb.jp/questions/125/rna-seq%E3%81%AErrna%E3%81%AE%E9%99%A4%E5%8E%BB/127<p>生物種はマウスでしょうか？ 一般的かどうかは分かりませんが，私は <a href="http://uswest.ensembl.org/info/docs/api/index.html">Ensembl API</a> を使ってアノテーションの取得をしています。 <a href="http://uswest.ensembl.org/index.html">Ensembl Genome Browser</a> にある全てのアノテーションを柔軟に取得することができるので，tRNA の位置情報を取得したり，その配列を取得したり，mRNA-seq データから遺伝子ごとの RPKM を計算するときに必須なエキソンの位置を取得したり，という処理を短いコードで書けるので，愛用してます。</p> <p>ヒト/マウスであればアノテーションはある程度しっかりしていると思いますが，Ensembl 生物種の中にも tRNA のアノテーションが足りなかったりする場合もあるようです。そのような場合は，<a href="http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-search/Options/trna-se.html">tRNA-SE</a> などを自前で動かして，ncRNA 領域の予測を行うと良いそうです。 また，Ensembl にないような生物種は，GenBank ファイルか GFF ファイルがある場合が多く，BioPerl ベースのパーサを作って情報を取得しています。</p>hacchyThu, 02 Dec 2010 22:19:14 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/125/rna-seq%E3%81%AErrna%E3%81%AE%E9%99%A4%E5%8E%BB/127